人急性髓系白血病样本转录谱：预测tipifarnib应答的双基因分类器

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-8970

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目前尚无方法可预测法尼基转移酶抑制剂（FTI）的治疗反应。我们分析了来自一项FTI替吡法尼（tipifarnib）2期研究的初治老年急性髓系白血病（AML）患者骨髓基因表达谱。研究发现，RASGRP1:APTX基因表达比值预测替吡法尼治疗反应的准确性最高。该双基因比值在新诊断AML队列中通过定量PCR（QPCR）得到了验证。我们进一步证明，该分类器可在54份来自复发或难治性AML患者的独立样本中预测替吡法尼治疗反应，阴性预测值（NPV）和阳性预测值（PPV）分别为92%和28%（比值比为4.4）。该分类器还预测总生存期改善（154天 vs 56天，p = 0.0001），并显示其独立于其他预后因素，包括先前描述的预测总生存期的基因表达分类器。因此，这些数据表明，双基因表达检测可能有助于对更可能对替吡法尼产生反应的AML患者群体进行分类。

实验总体设计：来自34名患者的34份样本

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。