抗蠕虫药flubendazole处理人U937急性髓系白血病细胞的转录谱分析

该数据集来自ebi.ac.uk,提供人U937急性髓系白血病细胞经抗蠕虫药flubendazole处理后的转录谱分析数据

biostudies
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基因组回归transcription profiling by arrayHomo sapiens
Transcription profiling by array of human acute myelogenous leukemia cells after treatment with flubendazole Transcription profiling of human U937 acute myelogenous leukemia cells treated with the antihelmintic flubendazole

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

抗蠕虫药flubendazole处理人U937急性髓系白血病细胞的转录谱分析

该数据集为转录谱分析数据,来源于ebi.ac.uk,聚焦于人U937急性髓系白血病细胞在抗蠕虫药物flubendazole处理后的基因表达变化。数据集标题表明其采用微阵列(array)技术进行转录 profiling,实验条件为1微摩尔flubendazole处理4小时,并设有未处理对照。该数据属于肿瘤/白血病分类,主题标签涵盖“transcription profiling by array”与“Homo sapiens”,可用于了解该药物对白血病细胞转录组的影响。整体而言,该数据集提供了药物处理与对照条件下U937细胞的表达谱比较,适合作为白血病细胞药物反应研究的基础数据资源。

【数据集背景】

该数据集围绕人急性髓系白血病细胞系U937展开,研究抗蠕虫药flubendazole处理后的转录谱变化。flubendazole是一种抗蠕虫药物,本数据集将其应用于白血病细胞模型,通过基因表达谱分析观察处理与未处理细胞之间的差异。数据集英文名称同时包含“Transcription profiling by array of human acute myelogenous leukemia cells after treatment with flubendazole”与“Transcription profiling of human U937 acute myelogenous leukemia cells treated with the antihelmintic flubendazole”,源站标题为后者。该数据归入肿瘤/白血病分类,主题涉及转录谱分析和人类样本。

【数据内容】

数据内容为U937细胞在flubendazole处理与未处理条件下的基因表达谱。源站描述指出,该实验对处理组与对照组细胞进行基因表达谱分析,处理条件为1微摩尔flubendazole、孵育4小时。数据主题标签包括“transcription profiling by array”和“Homo sapiens”,表明数据通过微阵列技术获取,物种为人。除上述处理条件与对照设计外,源站未提供关于探针数量、基因数量、样本重复数或具体表达值的信息。

【采集与来源】

该数据集来源站为ebi.ac.uk,源站标题为“Transcription profiling of human U937 acute myelogenous leukemia cells treated with the antihelmintic flubendazole”。源站描述说明,实验对经或未经flubendazole处理的U937细胞进行基因表达谱分析,处理浓度为1微摩尔,孵育时间为4小时。数据采集的具体平台、实验批次、操作流程等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于白血病细胞药物反应相关的转录组研究场景,例如比较flubendazole处理前后U937细胞的基因表达差异、探索该药物对急性髓系白血病细胞转录程序的影响,以及作为微阵列表达谱分析的教学或方法学参考。由于数据涉及人源白血病细胞系,也可用于肿瘤/白血病分类下的表达谱数据整合分析。具体应用方向需结合源站提供的原始数据与实验设计判断,源站未提供额外的适用性说明。

【使用方法】

使用该数据集时,可依据源站描述识别处理组与对照组:处理组为1微摩尔flubendazole孵育4小时的U937细胞,对照组为未处理细胞。用户可通过ebi.ac.uk获取该转录谱数据,并按照微阵列表达谱的常规分析流程进行差异表达分析或功能富集分析。关于数据文件格式、预处理步骤、归一化方法及分析工具,源站未提供,需参考源站页面或原始数据说明。

【质量与限制】

该数据集基于微阵列转录谱分析,实验条件明确为1微摩尔flubendazole处理4小时,并设有未处理对照。然而,源站未提供样本重复数、数据质量评估指标、归一化方法、缺失值处理或批次效应控制等信息,因此无法从现有描述判断数据质量水平。此外,数据仅涉及U937细胞系,结论外推到其他白血病细胞或临床样本时需谨慎。源站未提供关于数据限制的进一步说明。

【引用与许可】

该数据集来源站为ebi.ac.uk,源站标题与描述已给出。关于数据集的引用方式、作者信息、发表文献及许可条款,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据时,应访问ebi.ac.uk对应页面获取正式的引用与许可信息。

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源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-MEXP-2352

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

U937 acute myelogenous leukemia Array assay RNA assay Flubendazole untreated Raw data file Flubendazole Treated R object IDF File tab-delimited text Investigation Design Format (IDF) SDRF File Sample and Data Relationship Format (SDRF) Array Design * - U133Plus2_070909H_AS1_U937Control.CEL U133Plus2

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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