稳定表达Mkl1不同变体的HC11乳腺上皮细胞株转录谱芯片数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-44907

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们之前已表明，HC11乳腺上皮细胞对巨核细胞白血病-1（Mkl1）的过表达反应强烈，表现为tenascin-C表达的诱导。本研究旨在寻找与tenascin-C共同受Mkl1调控的基因，这种调控依赖于SAP结构域，并且不涉及血清响应因子（SRF）。为此，我们比较了三种稳定HC11细胞株的转录组，这些细胞株分别过表达全长Mkl1-RFP（HC11-FL）、SRF相互作用位点突变的Mkl1-RFP（HC11-mutB1）或SAP结构域缺失的Mkl1-RFP（HC11-ΔSAP）。稳定表达FL-、mutB1-或∆SAP-Mkl1-RFP克隆的HC11细胞株在无EGF的0.03% FCS/RPMI培养基中，以三重复形式培养48小时后提取总RNA。RNA被转化为标记的cDNA，并与Affymetrix GeneChip Mouse Gene 1.0 ST阵列杂交。使用Bioconductor 2.4版本中的affy包计算RMA归一化表达值（1），并通过Bioconductor limma包中实现的经验贝叶斯方法计算调节t统计量，以识别差异表达基因（2）。

要被认为在HC11-mutB1与HC11-FL以及HC11-∆SAP与HC11-FL细胞系之间存在差异表达，基因必须通过以下筛选条件：校正P值≤0.01（采用Benjamin-Hochberg错误发现校正），最小绝对线性倍数变化差异为2.0，以及最小平均表达值为4.0（log2）。参考文献：(1) Gentleman, R., Carey, V., Bates, D., Bolstad, B., Dettling, M., Dudoit, S., Ellis, B., Gautier, L., Ge, Y., Gentry, J., Hornik, K., Hothorn, T., Huber, W., Iacus, S., Irizarry, R., Leisch, F., Li, C., Maechler, M., Rossini, A., Sawitzki, G., Smith, C., Smyth, G., Tierney, L., Yang, J., Zhang, J. (2004) Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics. Genome Biology 5, R80 (2) Smyth, G. K., Speed, T. (2003) Normalization of cDNA

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。