儿童T细胞急性淋巴细胞白血病基因组图谱揭示与凋亡抵抗相关的新X连锁体细胞突变 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-78785

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数据说明

背景。T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）是一种侵袭性血液系统恶性肿瘤，预后极差。它占儿童ALL的15%，且在男性中的发病率高出三倍。T细胞恶性转化是一个多步骤过程，涉及协同事件导致T细胞信号传导、增殖、分化和存活发生改变。已发现许多复发性改变，有助于界定T-ALL的分子亚群，然而驱动转化的全部事件范围仍有待明确。结果。采用整合基因组与转录组数据的方法，我们对30例儿童T-ALL进行了全面的分子特征分析。我们识别了常见的T-ALL靶点，并证实了早期未成熟病例总体预后不良。我们还发现CDKN2A位点缺失与较低的复发风险相关。此外，我们识别了新的T-ALL驱动因素，包括剪接体机制成员U2AF1以及新型X连锁肿瘤抑制因子MED12和USP9X，这些此前从未与T-ALL相关联。

有趣的是，这些事件中近60%见于早期未成熟病例，而这类病例仅占队列的35%。功能验证进一步证明了这些新型T-ALL基因在驱动转化中的推定作用，表现为U2AF1 p.R35L所引发的异常剪接，以及MED12和USP9X抑制对凋亡的保护作用。结论：本研究凸显了儿童T-ALL潜在的基因组复杂性，并表明需要更大规模的整体性研究来阐明导致其各亚型的机制，并为改进患者分层和治疗提供机会。采用mirVana分离试剂盒（Ambion），按照生产商的操作方案，从患者432、437、547、693、716、743、744、748、791和849诊断时的骨髓样本中提取总RNA。Allprep DNA/RNA Mini试剂盒（Qi

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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