非典型慢性髓系白血病中复发性SETBP1突变
该数据集来自omicsdi.org，属于肿瘤/白血病领域，主题标签为Transcriptomics。数据为13例非典型慢性髓系白血病（aCML）样本的白血病mRNA测序结果，使用Illumina GAIIx平台
基本信息
资源简介
非典型慢性髓系白血病中复发性SETBP1突变
该数据集来自omicsdi.org，属于肿瘤/白血病领域，主题标签为Transcriptomics。数据为13例非典型慢性髓系白血病（aCML）样本的白血病mRNA测序结果，使用Illumina GAIIx平台。通过TopHat比对和SAMMate基因表达定量，比较7例SETBP1突变样本与6例非突变（WT）样本，获得转录组图谱、差异表达基因和通路富集分析。研究聚焦已知编码转录本的表达谱，基于Ensembl release-54注释得到20,907个蛋白编码基因。该数据可用于探索aCML中SETBP1突变相关的基因表达变化及通路机制（来源 omicsdi.org）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：对非典型慢性髓系白血病样本进行RNA-Seq分析。我们通过Illumina GAIIx对13例非典型慢性髓系白血病（aCML）样本的白血病mRNA进行了测序。使用TopHat比对器和SAMMate基因表达定量器，比较7例SETBP1突变样本和6例非突变（WT）样本，获得了转录组图谱、差异表达基因和通路富集分析。我们聚焦于已知编码转录本的基因表达谱。通过使用从ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-54/gtf/homo_sapiens/下载的人类Ensembl GTF注释文件vs54，从RNA-Seq中获得了包含20,907个蛋白编码Ensembl基因的数据集。
【主题与分类】
主题标签：Transcriptomics。本站分类：肿瘤/白血病。
【获取与许可】
源站页面：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-42146
下载信息
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数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-42146
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
非典型慢性髓性白血病样本的RNA-Seq分析 我们通过Illumina GAIIx对13例非典型慢性髓性白血病(aCML)样本的白血病mRNA进行了测序。利用TopHat比对器和SAMMate基因表达定量器，比较了7例SETBP1突变样本和6例未突变(WT)样本，获得了转录组图谱、差异表达基因和通路富集分析结果。我们重点关注已知编码转录本的基因表达谱。通过使用从ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-54/gtf/homo_sapiens/下载的人类Ensembl GTF注释文件vs54，从RNA-Seq中获得了一个包含20,907个蛋白质编码Ensembl基因的数据集。
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