细胞遗传学正常急性髓系白血病中预后DNA甲基化模式由干细胞染色质标记预设 [甲基化]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-32251

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞遗传学正常的急性髓系白血病（CN-AML）占所有成人急性髓系白血病（AML）病例的40%至50%。在这一临床异质性群体中，FLT3ITD、NPM1和CEBPA突变等分子异常近年来提高了预后判断的准确性。异常DNA甲基化是包括AML在内的癌症的标志性特征。我们在一个试验队列和一个验证队列中共研究了89份CN-AML样本，使用Illumina Methylation Bead芯片进行全基因组启动子DNA甲基化检测，并将其与正常髓系前体细胞及全局基因表达进行比较。IDH和NPM1突变与不同的甲基化模式相关（分别为p=0.0004和0.04）。IDH突变样本的全基因组甲基化水平升高（p=0.006）。我们观察到DNA甲基化对转录的负面影响。受Polycomb群（PcG）蛋白靶向的基因以及在干细胞中与二价组蛋白修饰相关的基因在AML中表现出异常甲基化增加（p<0.0001）。此外，PcG靶基因的高甲基化水平与更好的无进展生存（OR 0.47，p=0.01）和总生存（OR 0.36，p=0.001）独立相关。

总之，全基因组甲基化模式显示，在细胞遗传学正常的急性髓系白血病（CN-AML）中，PcG靶点存在优先甲基化现象，且具有预后意义。细胞遗传学正常急性髓系白血病的全基因组甲基化模式研究

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。