PRJNA927233：Sgf29 CRISPR敲除的小鼠MLL-AF9白血病细胞RNA-seq与ChIP-seq
实验使用表达 Cas9 的小鼠 MLL-AF9 白血病细胞，分别转导 sgCtrl 与 sgSgf29。数据可用于研究 Sgf29 敲除对基因表达和染色质结合的影响，服务于白血病相关转录调控与表观遗传分析（来源 ncbi.nlm.nih.gov）
基本信息
资源简介
PRJNA927233：Sgf29 CRISPR敲除的小鼠MLL-AF9白血病细胞RNA-seq与ChIP-seq
PRJNA927233 数据集聚焦于小鼠 MLL-AF9 白血病细胞中 Sgf29 基因敲除后的转录组与染色质结合变化。研究以表达 Cas9 的小鼠 MLL-AF9 白血病细胞为对象，分别转导 sgCtrl 与 sgSgf29，通过 RNA-seq 获取基因表达谱，并借助 TST-ChIP-seq 报告 SGF29 的染色质靶向情况，同时包含 H3K9ac ChIP-seq 数据。该数据集属于肿瘤/白血病分类，来源于 ncbi.nlm.nih.gov，可用于探讨 Sgf29 敲除对基因表达和染色质结合的影响，服务于白血病相关转录调控与表观遗传分析。
【数据集背景】
该数据集围绕小鼠 MLL-AF9 白血病细胞展开，核心问题是 Sgf29 基因敲除对细胞基因表达与染色质结合的影响。实验采用表达 Cas9 的小鼠 MLL-AF9 白血病细胞，并分别转导 sgCtrl 与 sgSgf29，从而在同一细胞背景下比较对照与敲除组的差异。源站描述指出，该数据集考察了 Sgf29 敲除在小鼠 MLL-AF9 细胞中的效应，并报告了基因表达谱（RNA-seq）以及 SGF29 的染色质靶向（TST-ChIP-seq）。整体设计以 CRISPR 敲除为基础，结合转录组与染色质结合两个层面的检测，形成对 Sgf29 功能的多角度观察。
【数据内容】
数据内容主要包括三类：RNA-seq、H3K9ac ChIP-seq 与 TST-ChIP-seq。RNA-seq 用于获取基因表达谱；H3K9ac ChIP-seq 使用 anti-H3K9ac 抗体（61663, Active Motif）捕获基因组 DNA 后进行测序；TST-ChIP-seq 则针对 SGF29-TST 捕获的基因组 DNA 进行测序，用以报告 SGF29 的染色质靶向。实验分组为 sgCtrl 与 sgSgf29，对应对照与 Sgf29 敲除条件。主题标签为 Other。除上述内容外，源站未提供更细化的数据表型或分析结果描述。
【采集与来源】
样本来源于表达 Cas9 的小鼠 MLL-AF9 白血病细胞，转导 sgCtrl 与 sgSgf29。RNA-seq 方面，总 RNA 使用 RNeasy Mini Kit（74104, QIAGEN）提取，并送至 Novogene 进行 RNA-seq（PE150, NovoSeq6000）。H3K9ac ChIP-seq 方面，anti-H3K9ac 抗体（61663, Active Motif）捕获的基因组 DNA 送至 Novogene 进行 ChIP-seq（PE150, NovaSeq6000）。TST-ChIP-seq 方面，SGF29-TST 捕获的基因组 DNA 送至 Novogene 进行 ChIP-seq（PE150, NovaSeq6000）。数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【适用场景】
该数据集可用于研究 Sgf29 敲除对基因表达和染色质结合的影响，服务于白血病相关转录调控与表观遗传分析。具体而言，RNA-seq 数据可用于比较 sgCtrl 与 sgSgf29 条件下的基因表达谱；H3K9ac ChIP-seq 与 TST-ChIP-seq 数据可用于考察染色质层面的结合与修饰信息。结合小鼠 MLL-AF9 白血病细胞背景，适合开展与 Sgf29 功能、染色质靶向及转录调控相关的分析。其他适用场景源站未提供。
【使用方法】
使用时可按实验分组（sgCtrl 与 sgSgf29）与数据类型（RNA-seq、H3K9ac ChIP-seq、TST-ChIP-seq）组织样本，分别开展表达谱比较与染色质结合分析。RNA-seq 数据对应基因表达谱，ChIP-seq 数据对应抗体或 TST 捕获的基因组 DNA 测序结果。由于源站未提供具体的分析流程、参考基因组版本或标准化参数，相关细节需以源站记录为准。源站未提供进一步的使用说明。
【质量与限制】
源站描述提供了测序平台（NovoSeq6000、NovaSeq6000）、读长（PE150）、试剂盒与抗体信息，但未提供样本量、重复数、测序深度、数据质控指标或统计分析结果。该数据集基于小鼠 MLL-AF9 白血病细胞模型，结论外推到其他细胞类型或体内情形需谨慎。源站未提供关于数据质量与局限性的更多说明。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA927233
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集研究了小鼠MLL-AF9细胞中Sgf29敲除的影响。报告了基因表达谱（RNA-seq）和SGF29的染色质靶向（TST-ChIP-seq）。总体设计：将表达Cas9的小鼠MLL-AF9白血病细胞用sgCtrl和sgSgf29转导。RNAseq：使用RNeasy Mini Kit（74104，QIAGEN）提取总RNA，并提交至Novogene进行RNA-seq（PE150，NovoSeq6000）。H3K9ac ChIP-seq：将抗H3K9ac抗体（61663，Active Motif）捕获的基因组DNA提交至Novogene进行ChIP-seq（PE150，NovaSeq6000）。TST-ChIP-seq：将SGF29-TST捕获的基因组DNA提交至Novogene进行ChIP-seq（PE150，NovaSeq6000）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
