慢性粒单核细胞白血病或健康个体间充质基质细胞DNA甲基化数据集
该数据集来自NCBI，包含慢性粒单核细胞白血病患者或健康个体的间充质基质细胞在AZA+与AZA-条件下的DNA甲基化数据，共1个文件，样例为GSE350919_series_matrix.txt.gz
基本信息
资源简介
慢性粒单核细胞白血病或健康个体间充质基质细胞DNA甲基化数据集
该数据集来自 NCBI，围绕慢性粒单核细胞白血病（CMML）及健康个体的间充质基质细胞（MSC）在 AZA+ 与 AZA- 两种条件下的 DNA 甲基化展开，数据集英文名为 PRJNA913799: DNA methylation in AZA+/AZA- mesenchymal stromal cells (MSCs) from patients with chronic myelomonocytic leukemia or healthy individuals。源站标题为 Piezo1 modulates hematopoietic homeostasis and chronic myelomonocytic leukemia progression via ITGβ1 mediated cell adhesion，本站将其归入肿瘤 / 白血病分类。数据集共包含 1 个文件，样例文件为 GSE350919_series_matrix.txt.gz，作者为 Xiao，Yu，发布时间为 Oct 15 202。整体上，该数据集适合用于考察 CMML 患者与健康个体来源 MSC 在 AZA 处理与否条件下的甲基化差异，为理解 Piezo1–ITGβ1 介导的细胞黏附通路在造血稳态与 CMML 进展中的作用提供表观遗传层面的数据支持。
【数据集背景】
慢性粒单核细胞白血病是一种以髓系细胞异常增殖为特征的血液系统肿瘤，骨髓微环境中的间充质基质细胞被认为参与疾病的发生与进展。源站标题指向 Piezo1 通过 ITGβ1 介导的细胞黏附调控造血稳态与 CMML 进展这一研究方向，本数据集正是该研究背景下产生的 DNA 甲基化数据，比较对象为 CMML 患者与健康个体的间充质基质细胞，并区分 AZA+ 与 AZA- 两种处理条件。本站将其归类为肿瘤 / 白血病，与其疾病主题一致。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE350919_series_matrix.txt.gz，属于 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵类文件。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL28330 与 10090，提示数据与高通量测序表达谱相关，并关联平台 GPL28330 及物种编号 10090。数据覆盖的生物学对象为 CMML 患者或健康个体来源的间充质基质细胞，实验条件分为 AZA+ 与 AZA- 两组，检测内容为 DNA 甲基化。文件的具体字段构成、样本数量与分组规模，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集标识为 PRJNA913799，源站标题与源站描述均为 Piezo1 modulates hematopoietic homeostasis and chronic myelomonocytic leukemia progression via ITGβ1 mediated cell adhesion。作者为 Xiao，Yu，发布时间为 Oct 15 202。样本采集的具体地点、时间跨度、伦理审批信息以及测序或芯片实验的详细流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于 CMML 与健康个体间充质基质细胞 DNA 甲基化模式的比较分析，也可用于评估 AZA 处理与否对 MSC 甲基化状态的影响，并可作为 Piezo1–ITGβ1 细胞黏附通路相关研究的表观遗传数据支撑。由于同时包含疾病与健康对照、处理与未处理两类对照维度，适合开展差异甲基化探索与候选基因筛选。具体分析结论需以数据实际内容为准，源站未提供既有分析结论。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE350919_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。由于数据集仅含 1 个文件，读取时应重点关注矩阵中的样本注释与分组信息是否与 AZA+/AZA- 及疾病/健康分组对应。更详细的读取参数与预处理步骤，源站未提供。
【质量与限制】
数据集文件数量为 1，规模较为有限，使用前应核对样本注释与分组信息的完整性。数据仅覆盖 DNA 甲基化层面，未包含其他组学层面的信息。样本量、重复数、缺失值情况与质控指标，源站未提供。发布时间记为 Oct 15 202，年份信息不完整，引用时需注意。
【引用与许可】
引用时应标注数据集标识 PRJNA913799 及源站标题 Piezo1 modulates hematopoietic homeostasis and chronic myelomonocytic leukemia progression via ITGβ1 mediated cell adhesion，作者为 Xiao，Yu，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据许可类型与使用条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE350919
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
DNA甲基化是调控基因表达的基本表观遗传修饰。异常的DNA甲基化可能参与CMML-MSCs转录/功能改变。然而，目前仍缺乏对MSCs整体DNA甲基化谱及其在去甲基化药物（如AZA）干预后变化的认识。在本研究中，将来自CMML患者（n=10）和健康个体（n=5）的体外扩增MSCs分别用AZA或DMSO处理，然后用于DNA甲基化谱分析（EPIC）。共纳入30份MSC样本。我们的研究揭示，来自不同个体队列（健康 vs. CMML）的MSCs对AZA表现出显著不同的敏感性和反应性。体外AZA处理可调控CMML-MSCs中异常的DNA甲基化谱，并恢复其受损的对健康造血的支持能力。我们的研究表明，AZA对CMML患者的治疗效果不仅限于对恶性克隆的抑制作用，还体现在其对受损骨髓基质微环境的调节作用上。
靶向改善骨髓微环境可能是改善和恢复CMML患者正常造血的一种潜在途径。总体设计：将来自30个样本的亚硫酸氢盐转化的DNA杂交到Illumina Infinium MethylationEPIC（850K）Beadchip芯片上。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
