人类胎儿造血单细胞多组学：发育特异性细胞群与胎儿特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA793904

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数据说明

了解人类胎儿血液发育及其与成人的差异，对于我们理解先天性血液和免疫疾病以及儿童白血病至关重要，后者可能起源于子宫内。血液形成以时间和空间上重叠的波次发生，增加了异质性，这 necessitated 单细胞方法。本文呈现了第一孕期原始血液发育的单细胞免疫表型和转录图谱。利用 CITE-seq（通过测序进行转录组和表位的细胞索引）技术，分析了胎儿肝脏（FL）中已建立的免疫表型门控祖细胞的分子谱。造血干细胞（HSCs）的经典标志物如 CD90 和 CD49F 在很大程度上得以保留，而 CD135（FLT3）和 CD123（IL3R）则具有普遍表达模式，捕获了异质性群体。与成人骨髓（BM）数据集的直接分子比较显示，HSC 状态在 FL 中较少见，而具有淋巴-髓系特征的细胞则更为丰富。

发现了一个红系-髓系定向多能祖细胞簇，可能代表一种短暂的胎儿特异性群体。此外，专门分析了胎儿与成人对应细胞之间的差异表达基因，并鉴定出一个胎儿核心特征。该核心基因集能够按年龄区分急性淋巴细胞白血病（ALL）的亚组，提示胎儿程序可能在儿童白血病的特定亚组中部分保留。本文所呈现的详细单细胞图谱强调了胎儿与成人血细胞在分子和免疫表型上的差异，这对未来儿童白血病及血液发育研究具有重要意义。总体设计：CITE-seq >>>提交者声明：所提交的数据来源于在世欧盟公民，其序列数据受GDPR保护。因此，未提供这些样本的原始数据。<<<

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。