基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA600397：10例慢性淋巴细胞白血病患者连续DNA甲基化谱（2个时间点）数据集

PRJNA600397 是一个收录于 NCBI BioProject 的肿瘤表观基因组学数据集，聚焦慢性淋巴细胞白血病（CLL）的 DNA 甲基化动态变化。该数据集以 10 例慢性淋巴细胞白血病患者为对象，提供连续两个时间点的 DNA 甲基化谱，用于刻画同一患者在不同病程阶段的甲基化状态。其 BioProject 编号为 600397，主题标签为表观基因组学，本站归类于肿瘤 / 白血病方向。作为 NCBI BioProject 体系中的一项记录，该数据集将同一研究计划下产生的多种数据类型汇聚于单一入口，便于研究者定位与获取相关数据。整体而言，该数据集的核心价值在于以纵向、配对的设计，为探索慢性淋巴细胞白血病中 DNA 甲基化随时间的演变提供数据基础。

【数据集背景】

慢性淋巴细胞白血病是一种以成熟 B 淋巴细胞克隆性增殖为特征的血液系统恶性肿瘤，其临床病程与分子及表观遗传改变密切相关。DNA 甲基化作为重要的表观遗传修饰，参与基因表达调控，在肿瘤发生发展中的作用受到广泛关注。该数据集正是在这一背景下建立，旨在通过同一批患者多个时间点的甲基化谱，观察甲基化模式在疾病进程中的变化。数据以 BioProject 形式组织，编号 600397，属于表观基因组学主题，本站将其归入肿瘤 / 白血病分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

该数据集收录 10 例慢性淋巴细胞白血病患者的连续 DNA 甲基化谱，覆盖 2 个时间点。所谓“连续”体现为对同一患者在不同时间点分别取样检测，从而形成纵向配对数据。数据内容属于表观基因组学范畴，核心数据类型为 DNA 甲基化谱。除上述信息外，关于具体检测平台、甲基化位点数量、覆盖基因组区域、样本组织来源、时间点间隔等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI BioProject，项目编号 600397，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一机构或联合体发起的生物数据集合，其记录为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集即通过这一体系对外发布，标题表明其为 10 例慢性淋巴细胞白血病患者两个时间点的连续 DNA 甲基化谱。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体研究机构等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于表观基因组学与白血病研究相关场景，例如分析慢性淋巴细胞白血病患者 DNA 甲基化在两个时间点之间的变化，识别随病程演变的甲基化区域，或将其作为纵向甲基化研究的参考数据。由于采用同一患者配对取样，可用于患者内比较，减少个体间差异带来的干扰。此外，该数据也可用于方法学评估，如纵向甲基化数据处理流程的测试。关于具体分析用途的验证结论，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 600397）访问该项目，并借助 BioProject 提供的链接定位其产生的各类数据。BioProject 的设计目的即在于为同一研究计划下的多样数据类型提供单一查找入口。因此，使用该数据集时，建议先查阅 BioProject 记录以获取项目层面的说明与数据链接，再根据具体数据类型进行下载与分析。关于数据下载格式、处理工具及分析流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量为 10 例患者、2 个时间点，属于纵向配对设计，适合患者内比较，但样本规模有限。关于数据质量评估指标、测序深度、甲基化 calling 阈值、缺失值比例、批次效应控制等信息，源站未提供。此外，该数据集仅覆盖两个时间点，时间分辨率有限，难以刻画更精细的动态轨迹。使用时应结合具体研究问题评估其适用性。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号 600397，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可条款及使用限制，源站未提供。使用者在引用或再利用前，应查阅 NCBI BioProject 记录及相关数据页面以确认最新要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE143411

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA600397

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

克隆和亚克隆演化参与慢性淋巴细胞白血病（CLL）的进展。演化不仅可选择遗传突变，还可选择表观遗传状态。在此，我们对CLL患者进行了长期纵向DNA甲基化谱分析研究，以寻找表观遗传演化与不同疾病进程之间的关联。与遗传数据一致，在所有评估的长期未治疗（n = 3）和复发（n = 2）患者中均未出现大规模甲基化演化，这些患者显示线性类型的克隆变化，而5例难治性患者中有3例表现出DNA甲基化的深刻变化。总体设计：通过Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips分析了20对CLL患者样本（10例患者×2个时间点）。3例患者在两个时间点均长期未治疗，2例在时间点之间复发，5例发展/维持难治性疾病。连续样本之间的时间范围为20至108个月。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别