PRJNA434172：ALL-SIL 细胞系 H3K4me1 ChIP-seq 数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA434172

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）是一种侵袭性血液癌症，由T细胞前体的恶性转化引起。多种癌基因，包括“T细胞白血病同源盒1”TLX1（HOX11）转录因子，已被鉴定为早期驱动事件，与其他遗传畸变协同作用于祖T细胞的白血病性转化。过去已对T-ALL中TLX1调控的转录组在蛋白质编码基因层面进行了广泛研究，但迄今为止在长链非编码RNA（lncRNA）层面仍未被探索，后者以作为参与多种癌症标志的成熟多功能关键角色而闻名。在本研究中，我们首次对TLX1调控的转录组进行了广泛分析，重点关注lncRNA表达模式。我们呈现了对TLX1表达受扰动的ALL-SIL淋巴母细胞以及一个初诊T-ALL患者队列（包括5例TLX1+和12例TLX3+病例）的polyA和总RNA测序的整合分析。

我们在ALL-SIL细胞中最初展示的TLX1和H3K27ac ChIP数据集（Durinck等，Leukemia，2015）基础上，扩展了H3K4me1、H3K4me3和ATAC-seq数据，以准确界定（超级）增强子标记的lncRNA，并通过计算机模拟的关联推断方法为候选TLX1调控的lncRNA赋予潜在功能注释。我们的研究为进一步对选定lncRNA进行功能分析铺平了道路，这些lncRNA有望成为T-ALL背景下精准医学方法的新型治疗靶点。总体设计：针对T-ALL细胞系ALL-SIL中的H3K4me1生成了ChIP-seq数据

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。