PRJNA401718：THP-1 急性髓系白血病细胞表观遗传 300 CRISPR sgRNA 筛选二代测序
数据围绕人源 THP-1 急性髓系白血病细胞，采用二代测序开展表观遗传相关的 300 CRISPR sgRNA 筛选。可用于研究该细胞模型中 sgRNA 的分布与富集情况，支持白血病表观遗传相关基因筛选与功能分析（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
PRJNA401718：THP-1 急性髓系白血病细胞表观遗传 300 CRISPR sgRNA 筛选二代测序
PRJNA401718 是一个围绕人源 THP-1 急性髓系白血病细胞开展的研究项目，采用二代测序技术进行表观遗传相关的 300 CRISPR sgRNA 筛选。该数据集归属于肿瘤 / 白血病分类，来源为 NCBI 的 BioProject 数据库，主题标签为 Other。整体来看，该数据可用于研究 THP-1 细胞模型中 sgRNA 的分布与富集情况，并支持白血病表观遗传相关基因的筛选与功能分析。项目通过 CRISPR sgRNA 筛选与二代测序相结合的方式，为探索急性髓系白血病细胞中表观遗传调控相关基因提供了数据基础，适合关注白血病分子机制、表观遗传学以及 CRISPR 筛选技术的研究人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集对应 NCBI BioProject 编号 401718，物种为人（Homo sapiens），研究内容聚焦于 THP-1 急性髓系白血病细胞。项目名称表明其核心工作是表观遗传相关的 300 CRISPR sgRNA 筛选，并采用二代测序作为读取手段。BioProject 作为生物数据的集合，通常关联某一具体研究计划，由单一机构或联合体发起，并为用户提供统一入口以查找该项目产生的多种数据类型。该数据集被归入肿瘤 / 白血病分类，主题标签为 Other，说明其应用领域与白血病及肿瘤研究相关。
【数据内容】
数据围绕人源 THP-1 急性髓系白血病细胞展开，采用二代测序开展表观遗传相关的 300 CRISPR sgRNA 筛选。其内容可用于研究该细胞模型中 sgRNA 的分布与富集情况，并支持白血病表观遗传相关基因筛选与功能分析。关于具体的测序读长、样本数量、sgRNA 序列列表、富集倍数或统计结果等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 401718) - BioProject - NCBI”。项目由单一机构或联合体发起，作为一项研究计划的数据集合对外发布。关于样本采集地点、采集时间、实验操作流程、测序平台型号等具体采集信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 THP-1 急性髓系白血病细胞模型中 sgRNA 的分布与富集情况，也可用于白血病表观遗传相关基因的筛选与功能分析。其应用方向包括表观遗传调控研究、CRISPR sgRNA 筛选数据分析以及急性髓系白血病相关分子机制探索。关于是否适用于临床诊断、药物开发或其他特定应用，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录查找该项目关联的多种数据类型。该记录提供统一入口，便于定位由同一研究计划产生的数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据基于二代测序与 CRISPR sgRNA 筛选，具体覆盖度、重复次数、对照设置、批次效应或验证实验结果等信息，源站未提供。使用时应结合项目背景与自身研究目的评估适用性。关于数据质量指标或已知限制，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA401718。关于引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA401718
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：为了鉴定急性髓系白血病细胞生存（AML）的关键表观遗传调控因子，我们使用包含6121条针对表观基因组及对照的sgRNA的sgRNA文库进行了CRISPR筛选。我们在第7天（参考）和第21天收集样本，以寻找从群体中消失的sgRNA，这些sgRNA可能对AML细胞生长或生存至关重要。结论：我们的研究揭示了AML中一种新的固有免疫表观遗传调控因子。该基因对AML生存至关重要，该基因的缺失会诱导I型IFN应答。该特定数据集显示了该基因在第21天的消失，以及其它可能调控AML细胞生存或生长的潜在基因。总体设计：对第7天经慢病毒sgRNA文库处理的3个样本和第21天的3个样本进行了基因组DNA分析。第21天的一个样本由于质量低在最终分析中被剔除。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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