慢性淋巴细胞白血病染色质可及性图谱：亚型特异性表观基因组特征与转录调控网络
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 321180），标题为慢性淋巴细胞白血病染色质可及性图谱，用于识别亚型特异性表观基因组特征与转录调控网络，物种为 Homo sapiens
基本信息
资源简介
慢性淋巴细胞白血病染色质可及性图谱：亚型特异性表观基因组特征与转录调控网络
该数据集为 NCBI BioProject 收录的人类慢性淋巴细胞白血病染色质可及性图谱项目，英文名称为“PRJNA321180: Chromatin accessibility maps of chronic lymphocytic leukemia identify subtype-specific epigenome signatures and transcription regulatory networks”，源站标题为“Homo sapiens (ID 321180) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其核心目标是通过染色质可及性图谱识别慢性淋巴细胞白血病不同亚型之间的表观基因组特征及转录调控网络，物种为 Homo sapiens。本站将其归类为肿瘤 / 白血病方向的数据资源，主题标签为 Other。该数据集适合作为白血病表观遗传学、染色质可及性及转录调控研究的基础数据入口，帮助研究者定位与慢性淋巴细胞白血病亚型相关的表观基因组信号。
【数据集背景】
慢性淋巴细胞白血病是一种涉及淋巴细胞异常增殖的血液系统恶性肿瘤，其不同亚型在临床行为、分子特征和调控机制上可能存在差异。该数据集以染色质可及性为切入点，旨在通过全基因组水平的可及性图谱，识别慢性淋巴细胞白血病亚型特异性的表观基因组特征，并进一步构建转录调控网络。项目来源于 NCBI BioProject，编号为 321180，物种为 Homo sapiens。BioProject 作为生物数据的集合记录，通常围绕单一研究计划或机构、联盟发起，并提供链接以访问该项目产生的多种数据类型。该数据集即属于此类项目记录，其标题明确指向慢性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱研究。
【数据内容】
该数据集的核心内容为慢性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱，用于识别亚型特异性表观基因组特征和转录调控网络。其英文标题表明，研究关注染色质可及性 maps 与 subtype-specific epigenome signatures 以及 transcription regulatory networks 之间的关系。本站分类为肿瘤 / 白血病，主题标签为 Other。源站描述仅说明 BioProject 是相关生物数据的集合，提供访问多种数据类型的链接，未进一步列出具体样本数量、测序平台、文件格式或数据处理细节。因此，关于数据内容的具体组成、样本规模、基因组坐标文件、峰值列表或调控网络结果等，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 321180，源站标题为“Homo sapiens (ID 321180) - BioProject - NCBI”。其物种为 Homo sapiens，研究主题为慢性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱。BioProject 记录通常由单一组织或联盟发起，围绕一个研究计划汇集多种数据类型，并提供统一入口供用户查找相关数据。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、测序中心或具体实验方法，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于慢性淋巴细胞白血病的表观遗传学研究，尤其是染色质可及性分析、亚型特异性表观基因组特征识别以及转录调控网络构建等方向。研究者可将其作为探索白血病亚型差异调控机制的参考数据资源，也可用于与其它表观基因组或转录组数据进行比较分析。本站分类为肿瘤 / 白血病，因此也适合肿瘤表观遗传学、血液肿瘤分子机制研究等场景。关于该数据集是否适用于临床诊断、预后判断或药物靶点筛选，源站未提供明确说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录访问该项目，并利用其提供的链接查找该项目产生的多种数据类型。由于源站描述仅说明 BioProject 提供单一入口以链接不同数据类型，未说明具体下载方式、文件格式、分析流程或软件工具，因此关于如何下载、处理和分析该数据集的具体步骤，源站未提供。建议用户依据 NCBI BioProject 页面上的实际链接和说明进行操作。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源。其标题和主题表明研究聚焦于慢性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱，但源站未提供样本量、数据覆盖度、测序深度、质控指标、重复性验证或批次效应等信息。因此，无法依据现有信息评估其数据质量、完整性或潜在偏差。此外，该数据集的主题标签为 Other，本站分类为肿瘤 / 白血病，但具体亚型分类、临床注释和调控网络结果的可信度等，源站未提供。使用时应结合原始项目页面中的详细说明进行判断。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 321180。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或版权声明，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 页面及相关数据发布方的要求，并遵循相应的数据使用规范。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA321180
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
慢性淋巴细胞白血病(CLL)以显著的临床异质性为特征，尽管其基因改变相对较少。为了给研究CLL中表观基因组失调提供基础，我们采用ATAC-seq检测方法，为来自55例患者的88份CLL样本建立了全基因组染色质可及性图谱，并且我们还对十份代表性样本进行了ChIPmentation和RNA-seq分析。基于所得数据集，我们设计并应用了一种将染色质图谱与临床注释相关联的生物信息学方法。我们的分析在CLL调控区域的共享核心之上，识别出了样本特异性变异。IGHV突变状态——它区分了CLL的两个主要亚型——可通过染色质图谱准确预测，并且针对IGHV突变型与IGHV未突变型样本推断出的基因调控网络，识别出了这两种疾病亚型之间的特征性差异。总之，我们发现了CLL染色质景观中广泛的异质性，建立了一个用于研究白血病表观基因组失调的社区资源，并证明了在癌症队列和临床研究中进行染色质可及性图谱绘制的可行性。
总体设计：对来自55名个体的88份CLL样本进行全基因组染色质状态和基因表达水平的分析，产生了88个ATAC-seq图谱、40个ChIPmentation图谱（10份样本，每份使用3种不同抗体及匹配的免疫球蛋白对照）和10个RNA-seq图谱。原始序列数据已提交至EBI的欧洲基因组-表型档案库（EGA），登录号为EGAS00001001821（受控访问以保护患者隐私）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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