野生型与二聚体突变型Notch调控T-LL细胞表观遗传图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA293236

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

NOTCH/RBPJ/MAML三元转录复合物结合于调控元件并驱动基因表达。该复合物可以单体和二聚体形式发挥作用。二聚体复合物如何在人类癌症中调控基因表达尚缺乏充分研究。在此，我们整合基因组数据集，分析Notch二聚体复合物调控的转录组和顺式调控元件。一部分编码RNA和非编码RNA与Notch二聚体复合物相关。二聚体复合物识别序列富集于功能性动态Notch位点，且大多数二聚体识别序列位于（超级）增强子中。利用CRISPR-Cas9介导的基因组编辑，我们评估了一个二聚体响应元件的功能，该元件位于非编码RNA NDANR1的启动子区域以及距HES5 5’端16kb处。该元件中SPS的突变降低了HES5和NDANR1的表达。这一发现表明，二聚体响应元件既可作为HES5的增强子，同时也可作为非编码RNA NDANR1的启动子。我们的研究揭示了Notch二聚体复合物在人类癌症基因组转录调控中的广泛作用。

总体设计：鉴定野生型Notch（ICN1）和二聚体突变型（R1984A）诱导的人T细胞急性淋巴细胞白血病细胞系中组蛋白修饰H3K27ac的基因组图谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。