PRJNA148179：人类T-ALL中TAL1复合体调控的核心转录调控回路（子系列）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA148179

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

致癌转录因子TAL1/SCL在超过40%的T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)病例中异常过表达，突显了TAL1调控的转录程序在T-ALL分子发病机制中的重要性。在此，我们确定了T-ALL细胞中由TAL1及其调控伙伴HEB、E2A、GATA3、ETS1和RUNX1控制的核心转录调控回路。我们发现TAL1与其伙伴形成一个相互连接的自动调控环，有助于其直接靶基因的持续上调。重要的是，我们还发现MYB致癌转录因子被TAL1复合物直接激活，并正向调控许多相同的靶基因，从而形成一个前馈正调控环，进一步促进TAL1调控的致癌程序。总体设计：人类T-ALL细胞用甲醛交联20分钟。通过染色质免疫沉淀(ChIP)富集DNA，并通过Solexa测序进行分析。对全细胞提取物(WCE)样本进行测序，并用作背景以确定富集程度。

采用针对总TAL1（Santa Cruz SC-12984）、TCF12/HEB（Santa Cruz SC-357）、TCF3/E2A（Santa Cruz SC-349X）、LMO1（Santa Cruz SC-10494）、LMO2（R&D Systems AF2726）、GATA3（Santa Cruz SC-22206）和RUNX1（Santa Cruz SC-8563）的抗体进行了ChIP实验。这代表了本数据集中ChIP-seq的部分。人类Jurkat细胞用甲醛交联20分钟。通过染色质免疫沉淀（ChIP）富集DNA，并通过Solexa测序进行分析。对全细胞提取物（WCE）样本进行了测序，并将其用作背景以确定富集程度。采用针对总TAL1（Santa Cruz SC-12984）、TCF12/HEB（Santa Cruz SC-357）、TCF3/E2A（Santa Cruz SC-349X）、LMO1（Santa Cruz SC-10494）、GATA3（Santa Cruz SC-22206）和RUNX1（Santa Cruz SC-8563）的抗体进行了ChIP实验。这代表了本数据集中ChIP-seq的部分。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。