基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1399632：急性白血病肠道微生物组组成

PRJNA1399632 是一个聚焦于急性白血病患者肠道微生物组组成的公开数据集，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在分类上归属于肿瘤 / 白血病方向，主题标签为 Metagenome。该数据集的核心内容是成人急性白血病患者在接受强化化疗期间纵向采集的粪便样本的 16S rRNA 基因测序数据，旨在支撑化疗相关肠道微生物组变化及宿主免疫因素的研究。数据集提供了所有粪便样本的原始双端 FASTQ 文件及样本 ID 等相关元数据，采用针对 V3–V4 区域的 16S rRNA 测序，测序在 Illumina 平台上完成。整体而言，该数据集为研究急性白血病化疗过程中肠道菌群动态提供了可再利用的原始测序资源。

【数据集背景】

急性白血病患者需要接受强化化疗，而化疗对肠道微生物组的影响及其与宿主免疫因素的关联是当前研究关注的问题。该数据集正是围绕这一背景建立，纳入的参与者为接受强化化疗的成人急性白血病患者，并在研究设计上区分了两类人群：既往无化疗暴露者与既往有化疗暴露者。通过纵向采集粪便样本并开展 16S rRNA 基因测序，该数据集用于支持化疗相关肠道微生物组变化以及宿主免疫因素方面的研究。

【数据内容】

数据集包含所有粪便样本的原始双端 FASTQ 文件，并附有相关元数据，其中包括样本 ID。测序类型为 16S rRNA 基因测序，目标区域为 V3–V4 区域，测序平台为 Illumina。样本来自成人急性白血病患者在接受强化化疗期间纵向采集的粪便。主题标签为 Metagenome。除上述内容外，源站未提供更细的样本数量、序列条数或数据量等信息。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI BioProject PRJNA1399632，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本类型为粪便样本，采集对象为接受强化化疗的成人急性白血病患者，采集方式为纵向采集。参与者被分为两组，即无既往化疗暴露组和有既往化疗暴露组。测序在 Illumina 平台上完成，采用针对 16S rRNA 基因 V3–V4 区域的测序策略。关于具体的采样时间点数量、采样间隔、参与人数及临床机构等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究化疗相关的肠道微生物组变化，以及急性白血病中肠道微生物组与宿主免疫因素之间的关系。由于样本来自接受强化化疗的成人急性白血病患者，并区分了既往化疗暴露情况，且为纵向采集，可用于分析化疗过程中肠道菌群组成的动态变化，也可用于比较不同化疗暴露史人群的微生物组差异。此外，作为公开的原始双端 FASTQ 数据，可用于微生物组分析流程的复用与方法学比较。关于该数据集是否适用于其他疾病或人群，源站未提供。

【使用方法】

使用者可获取数据集中的原始双端 FASTQ 文件，并结合附带的元数据（包括样本 ID）进行后续分析。典型的分析可围绕 16S rRNA 基因 V3–V4 区域序列展开，例如序列质控、去噪或聚类、物种注释以及群落组成与多样性分析，并结合样本分组信息（无既往化疗暴露与有既往化疗暴露）和纵向采样信息进行比较分析。关于具体的分析流程、推荐软件或参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 Illumina 平台的 16S rRNA 基因 V3–V4 区域测序，属于标记基因测序数据，其分辨率与信息内容受所选区域和测序策略本身的特点所限。样本仅来自成人急性白血病患者，且为粪便样本，研究结论的外推范围需结合研究设计加以考虑。关于样本量、测序深度、数据质量评估结果、缺失值情况以及潜在的批次效应等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject PRJNA1399632（ncbi.nlm.nih.gov）。关于具体的引用方式、文献出处以及数据使用许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1399632

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1399632

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该BioProject包含接受强化化疗的成人急性白血病患者纵向采集粪便样本的16S rRNA基因测序数据。参与者分为两组，包括既往无化疗暴露者和既往有化疗暴露者。肠道微生物组采用Illumina平台上靶向V3-V4区域的16S rRNA测序进行评估。该数据集包括所有粪便样本的原始双端FASTQ文件，以及包括样本ID在内的相关元数据。该数据集旨在支持急性白血病中化疗相关肠道微生物组变化及宿主免疫因素的研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别