基本信息

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基因组

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分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA273824：人类粪便宏基因组

PRJNA273824: Human stool Metagenome 是一个公开的人类粪便宏基因组测序数据集，来源于 NCBI。该数据集聚焦于内分泌、营养和代谢疾病领域中的糖尿病相关研究，核心样本来自美国 Cameron County Hispanic Cohort 中 63 名受试者的粪便样本，测序对象为 V1-V3 区 16S 读段。整体而言，该数据集为研究肥胖、2 型糖尿病与肠道微生物组之间可能存在的关联提供了基础测序资源，尤其适用于关注墨西哥裔美国人群体代谢疾病风险的科研场景。数据集以 Metagenome 作为主题标签，体现了其以宏基因组学手段分析粪便微生物群落的基本属性。

【数据集背景】

肥胖和 2 型糖尿病是全球范围内重要的公共卫生问题，其患病率近年来持续上升。墨西哥裔美国人受到肥胖和 2 型糖尿病的影响尤为严重，在美国—墨西哥边境地区，相关疾病的患病率更高。为了确定该人群中 2 型糖尿病、肥胖及其他疾病风险增加的相关因素，Cameron County Hispanic Cohort 于 2004 年建立。该数据集正是基于这一独特队列产生的测序数据，旨在从粪便微生物组角度为理解代谢疾病风险提供线索。

【数据内容】

该数据集由 V1-V3 16S 读段组成，这些读段来自粪便样本。样本覆盖 Cameron County Hispanic Cohort 中 63 名受试者的一个子集。测序数据属于人类粪便宏基因组数据，主题标签为 Metagenome。数据内容围绕粪便样本中的微生物群落展开，采用 16S 测序策略，目标区域为 V1-V3。除上述信息外，源站未提供关于具体序列数量、读长分布、样本分组明细或临床变量关联的进一步说明。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI，对应数据集英文名为 PRJNA273824: Human stool Metagenome。样本采集自美国 Cameron County Hispanic Cohort 中的 63 名受试者，采集类型为粪便样本。该队列建立于 2004 年，旨在研究墨西哥裔美国人群体中 2 型糖尿病、肥胖及其他疾病风险增加的相关因素。美国—墨西哥边境地区相关疾病患病率更高，因此该队列及本数据集具有特定的人群和地域背景。除上述内容外，源站未提供更详细的采集时间、地点、保存条件或伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集适用于与人类粪便微生物组相关的研究场景，尤其是关注肥胖、2 型糖尿病等内分泌、营养和代谢疾病的研究。由于样本来自墨西哥裔美国人群体，且该群体受肥胖和 2 型糖尿病影响尤为严重，数据集可用于探索该人群粪便微生物群落的组成特征。主题标签 Metagenome 表明其可服务于宏基因组学分析。此外，该数据集也可作为方法学参考，用于涉及 V1-V3 16S 测序读段的微生物组比较研究。除上述方向外，源站未提供其他具体适用场景。

【使用方法】

该数据集为 NCBI 公开数据，可通过 NCBI 相关资源获取。使用时可基于 V1-V3 16S 读段进行微生物群落分析。由于数据来自 63 名受试者的粪便样本，分析中可将样本作为基本单位。具体分析流程、软件工具、参数设置及统计方法需依据研究目的确定。源站未提供关于数据下载格式、预处理步骤、质量控制流程或推荐分析管线的具体说明。

【质量与限制】

该数据集仅包含 63 名受试者的粪便样本 V1-V3 16S 读段，样本量有限，且仅覆盖 Cameron County Hispanic Cohort 的一个子集。其人群背景为墨西哥裔美国人，研究结论外推至其他人群时需谨慎。测序区域为 V1-V3 16S，可能限制对微生物群落的分辨率。源站未提供关于测序深度、数据质量评分、污染控制、批次效应或缺失值的具体信息。此外，源站未提供临床表型、生活方式或环境暴露等配套变量说明，因此无法从现有信息判断其与肥胖、2 型糖尿病等结局的直接关联强度。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，数据集英文名为 PRJNA273824: Human stool Metagenome。源站未提供具体的引用格式、许可条款或使用限制说明。使用者在引用或再利用该数据集时，应参考 NCBI 源站的相关政策与要求。除上述内容外，源站未提供其他关于引用与许可的详细信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA273824

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA273824

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肥胖和2型糖尿病（T2D）是全球主要的公共卫生问题，近年来其患病率只增不减。墨西哥裔美国人受肥胖和T2D的影响尤为严重，而在美国-墨西哥边境地区，发病率更是居高不下。为了确定这一人群中T2D、肥胖及其他疾病风险增加的相关因素，2004年建立了卡梅伦县西班牙裔队列。该序列数据集包含了来自这一独特队列中63名受试者子集的粪便样本的V1-V3 16S读数。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别