PRJNA1367601：IKAROS重新表达调控IKZF1突变Ph+ B-ALL转录网络 [CUT&RUN]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1367601

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在探究IKAROS（IKZF1）在携带IKZF1突变的费城染色体阳性B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中所调控的抑癌机制。该数据集包含来自人MXP5和PDX2细胞系的bulk RNA-seq图谱，这些细胞系经工程改造以表达多西环素诱导型野生型IKAROS（IK1）或空载体对照。在诱导后24小时收集RNA，以捕获对IK1重新表达的早期转录反应。这些数据是一项更大规模多组学研究的一部分，该研究整合了RNA-seq、ChIP-seq、CUT&RUN、ATAC-seq和HiChIP，以界定IKZF1缺陷型Ph⁺ B-ALL中IKAROS调控的转录和染色质网络。总体设计：实验设计涉及IKZF1缺陷型Ph⁺ B-ALL细胞系MXP5，该细胞系表达多西环素诱导型野生型IKAROS（IK1）或空对照载体。细胞用1 μg/mL多西环素处理24小时以诱导IK1表达。诱导后，固定细胞并针对组蛋白修饰H3K27me3、H3K9me3和H3K4me3进行CUT&RUN，并设置IgG对照。每种条件（IK1诱导组和对照组）对每个靶标均进行生物学重复分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。