PRJNA1337451：噬菌体疗法根除急性淋巴细胞白血病患者由广泛耐药铜绿假单胞菌引起的呼吸机相关性肺炎
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，包含 8 株铜绿假单胞菌抗菌耐药分离株的基因组组装，这些分离株属于同一菌株，分离自一名接受噬菌体治疗期间的急性淋巴细胞白血病患者的不同时间点；同时包含治疗所用噬菌体的基因组组装，该噬菌体属于 Papkunavirus 属
基本信息
资源简介
PRJNA1337451：噬菌体疗法根除急性淋巴细胞白血病患者由广泛耐药铜绿假单胞菌引起的呼吸机相关性肺炎
PRJNA1337451 数据集收录了一项针对急性淋巴细胞白血病患者合并广泛耐药铜绿假单胞菌所致呼吸机相关性肺炎的噬菌体治疗相关基因组数据。该数据集包含 8 株铜绿假单胞菌抗菌耐药分离株的基因组组装，这些分离株属于同一菌株，分别分离自上述患者在接受噬菌体治疗期间的不同时间点；此外还包含治疗所用噬菌体的基因组组装，该噬菌体属于 Papkunavirus 属。数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Genome sequencing，本站分类归入肿瘤 / 白血病方向。整体而言，该数据集围绕单一临床病例，将病原菌系列分离株与治疗用噬菌体的基因组信息并列呈现，为在基因组层面观察耐药菌在噬菌体治疗过程中的变化提供了数据基础。
【数据集背景】
该数据集对应的临床背景是一名急性淋巴细胞白血病患者发生由广泛耐药铜绿假单胞菌引起的呼吸机相关性肺炎，并接受噬菌体治疗。急性淋巴细胞白血病患者常处于免疫抑制状态，合并耐药菌感染时治疗选择有限，而呼吸机相关性肺炎属于重症感染情形。数据集所记录的内容正是围绕这一治疗过程展开：一方面追踪感染病原菌在治疗期间不同时间点的分离株，另一方面纳入用于治疗的噬菌体本身。需要说明的是，源站未提供该病例更详细的人口学信息、治疗时间轴、给药方案及临床结局等背景资料。
【数据内容】
数据集的核心内容是基因组组装结果。其中包含 8 株铜绿假单胞菌抗菌耐药分离株的基因组组装，这些分离株属于同一菌株，但分离自患者接受噬菌体治疗期间的不同时间点。除细菌基因组外，数据集还包含治疗所用噬菌体的基因组组装，该噬菌体属于 Papkunavirus 属。主题标签为 Genome sequencing，表明数据以基因组测序及组装产物为主。源站未提供各组装序列的具体长度、覆盖度、组装完整性指标、注释信息以及样本间的具体时间间隔。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。分离株来自一名急性淋巴细胞白血病患者，均为抗菌耐药铜绿假单胞菌，且属于同一菌株，按治疗期间不同时间点采集。治疗所用噬菌体同样纳入基因组组装。源站未提供样本采集的具体地点、采集操作规程、测序平台、文库构建方式及原始测序数据情况。
【适用场景】
该数据集可用于围绕耐药菌与噬菌体治疗的基因组层面研究，例如比较同一菌株在不同治疗时间点的基因组组装差异、考察治疗用噬菌体与宿主菌的对应关系，以及作为噬菌体治疗相关基因组数据的参考案例。由于涉及血液肿瘤患者合并耐药菌感染的背景，也可为肿瘤 / 白血病方向下感染并发症的基因组数据整理提供素材。源站未提供该数据集在具体研究中的使用案例或分析结论。
【使用方法】
使用者可依据 ncbi.nlm.nih.gov 上该数据集的公开入口获取所提供的基因组组装数据，并结合主题标签 Genome sequencing 理解数据性质。使用时应将 8 株细菌分离株视为同一菌株在不同时间点的系列样本，并将噬菌体基因组作为治疗用噬菌体的独立组装加以区分。源站未提供具体的下载格式、文件组织方式、分析流程或推荐参数。
【质量与限制】
该数据集为基因组组装数据，源站未提供组装质量评估指标、污染筛查结果及注释完整度等信息。样本量方面，细菌分离株为 8 株，噬菌体为 1 株，均来自单一患者病例，源站未提供重复实验或独立队列信息。由于缺乏临床时间轴与治疗方案的详细记录，数据在解释治疗过程中菌株变化时存在背景信息不足的限制。源站未提供其他质量与限制说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可条款。使用时应以 ncbi.nlm.nih.gov 上该数据集页面的正式说明为准。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1337451
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含8株铜绿假单胞菌抗菌药物耐药分离株的基因组组装，这些分离株属于同一菌株，但分离自一名急性淋巴细胞白血病患者在接受噬菌体治疗期间的不同时间点。该数据集还包含治疗中所用噬菌体的基因组组装，该噬菌体属于Papkunavirus属。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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