PRJNA1309118：墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病DNA甲基化特征

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1309118），主题为墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病患者的 DNA 甲基化特征，属于表观基因组学范畴

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基因组分类Epigenomics

PRJNA1309118: DNA methylation signature from acute lymphoblastic leukemia pediatric Mexican patients

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1309118：墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病DNA甲基化特征

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项表观基因组学研究项目，编号为 PRJNA1309118，英文名称为“DNA methylation signature from acute lymphoblastic leukemia pediatric Mexican patients”。从名称可以看出，该项目聚焦于墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病患者的 DNA 甲基化特征，属于表观基因组学范畴。本站将其归类为肿瘤 / 白血病方向。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的多种类型生物学数据，通常来源于单一机构或联合体，并为用户提供统一入口以查找该项目所产生的各类数据链接。因此，该数据集并非单一实验文件，而是一个围绕特定研究目标组织起来的项目记录，便于研究者从整体上了解该研究涉及的数据资源。

【数据集背景】

急性淋巴细胞白血病是儿童中最常见的恶性肿瘤之一，其发生发展涉及遗传学和表观遗传学层面的多种改变。DNA 甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，在基因表达调控、细胞分化及肿瘤发生过程中发挥关键作用。该数据集所对应的研究项目以墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病患者为对象，旨在获取其 DNA 甲基化特征。项目主题标签为“Epigenomics”，表明其研究重点落在表观基因组学领域。该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1309118。关于该研究的具体立项背景、研究假设、样本量及研究机构等信息，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题为墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病患者的 DNA 甲基化特征。从项目名称和主题标签可以确定，其核心数据类型与 DNA 甲基化检测相关，属于表观基因组学数据。BioProject 记录本身并不直接等同于原始数据文件，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型和数据文件的链接入口。因此，该数据集可能包含与 DNA 甲基化相关的实验数据、分析结果或样本信息，但具体的数据文件格式、数据量、甲基化检测平台、覆盖的基因组区域、样本数量及分组信息等，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1309118。BioProject 作为项目级资源，通常汇集来自单一组织或联合体的生物学数据。该项目的研究对象为墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病患者，说明其样本来源与这一特定人群相关。关于样本采集的具体地点、时间范围、伦理审批信息、纳入与排除标准、样本处理流程及测序或芯片检测的具体方法等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于表观基因组学、肿瘤学及白血病研究领域。具体而言，可用于探索儿童急性淋巴细胞白血病中 DNA 甲基化模式的改变，比较患者与对照或其他人群之间的甲基化差异，或作为表观遗传标志物研究的参考数据。由于该项目聚焦于墨西哥儿童患者，对于关注人群特异性表观遗传特征的研究者具有一定参考价值。此外，该数据集也可用于方法学比较、数据整合分析或作为二次分析的起点。关于该数据集是否适用于临床诊断、预后判断或治疗指导等具体应用，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 PRJNA1309118 或项目名称进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所生成的各种数据类型和数据文件的链接，用户可据此获取相关数据。具体的数据下载方式、访问权限、所需软件工具及分析流程等，源站未提供。建议用户在使用前仔细阅读项目页面中的相关说明及关联数据资源。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目记录，其数据质量取决于原始研究的设计、样本采集、实验操作及数据分析过程。关于该项目的质量控制指标、数据完整性、批次效应处理、样本量大小及统计效力等信息，源站未提供。此外，该数据集聚焦于墨西哥儿童急性淋巴细胞白血病患者，其结论在外推至其他人群或其他白血病亚型时需谨慎。用户在使用时应结合原始研究文献及项目页面中的说明进行评估。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制及数据共享政策等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关使用条款，并查阅项目页面以获取最新的引用和许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306095

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1309118

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性淋巴细胞白血病（ALL）是全球最常见的儿童癌症，在墨西哥人群中观察到更高的发病率和更低的生存率。本研究旨在表征一组墨西哥儿童ALL患者队列的全基因组DNA甲基化图谱。在诊断时收集了53名17岁以下B细胞ALL患儿的骨髓（BM）或外周血（PB）样本，以及5名儿童非ALL对照的BM样本。使用Illumina Infinium MethylationEPIC v2.0芯片进行DNA甲基化谱分析。数据处理和差异甲基化位点（DMPs）的识别使用R语言中的ChAMP包进行。该数据集为研究这一研究不足人群中基于甲基化的生物标志物和失调通路提供了全面的表观基因组资源。总体设计：本研究基于来自墨西哥的58名儿童受试者的前瞻性队列：53名新诊断的B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者和5名非白血病对照患者。

基因组DNA是从诊断时采集的骨髓穿刺液或外周血样本中，使用QIAGEN Puregene Blood Core Kit提取的。采用Zymo Research EZ DNA Methylation Kit对500纳克DNA进行亚硫酸氢盐转化。全基因组DNA甲基化谱分析使用Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip（v2.0）进行。研究设计为病例对照。记录了包括复发状态和总生存期在内的临床结局，用于关联分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别