PRJNA1289755：急性髓系白血病患者白血病细胞的单细胞转录组与3D基因组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1289755

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们应用了一种名为“同时采用Hi-C和RNA-seq”的单细胞多组学检测方法，在同一细胞内同时分析染色质结构和转录组。在本研究中，该检测方法应用于从急性髓系白血病患者的骨髓穿刺液中分离出的CD34⁺CD117⁺CD38⁻造血干细胞和祖细胞。此数据集代表了单细胞HiRES技术在原发性AML样本中的首次应用，提供了单细胞分辨率下的配对三维基因组和基因表达信息。总体设计：HiRES：从急性髓系白血病患者中提取单核细胞。目标细胞用CD34和CD117抗体染色，并通过荧光激活细胞分选技术分离。最终文库严格按照HiRES方案制备。*************************************************************** 由于担心公开提交可识别个人身份的序列数据，人类/患者样本的原始文件未提交至GEO。***************************************************************

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。