PRJNA1262342：DNMT3B调控急性髓系白血病顺式调控染色质与细胞周期程序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1262342

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

异常DNA甲基化是急性髓系白血病(AML)的标志性特征，通常由DNA甲基转移酶失调驱动。为探究DNMT3B抑制的表观基因组影响，我们用选择性DNMT3B抑制剂Nanaomycin A(NanA)处理KG1A AML细胞，并使用Illumina MethylationEPIC v2.0芯片进行全基因组DNA甲基化谱分析。经50 nM NanA暴露48小时后，鉴定出差异甲基化CpG位点，其中大多数表现为中度低甲基化(Δβ值±25%)。这些变化富集于启动子和基因体区域，并与染色质可及性改变的区域重叠。所得数据集提供了AML中DNMT3B依赖性甲基化动态的高分辨率视图，可作为理解靶向甲基转移酶抑制的表观遗传后果的资源。总体设计：为考察DNMT3B抑制对AML DNA甲基化景观的影响，我们用选择性DNMT3B抑制剂Nanaomycin A(NanA；MedChemExpress，HY-103397)处理KG1A细胞。

细胞以每条件1×10⁶的密度接种，并用50 nM NanA或DMSO（溶剂对照）处理48小时。处理后，按照制造商的操作方案使用AllPrep DNA/RNA试剂盒（Qiagen）分离基因组DNA。基因组DNA经亚硫酸氢盐转化后，使用Illumina Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip芯片进行全基因组DNA甲基化谱分析。每个条件（NanA处理组和DMSO对照组）均包含三个生物学重复。原始IDAT文件和处理后的β值已提交至GEO。差异甲基化分析采用标准流程进行，阈值为Δβ≥10%且FDR校正p值<0.05。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。