PRJNA1186249:Oxr1 失调促进慢性髓性白血病 TKI 耐药与急变期 [数据集 3]
该数据集来自 NCBI,属于肿瘤/白血病分类,聚焦氧化应激抵抗蛋白 Oxr1 失调与慢性髓性白血病(CML)TKI 耐药及急变期的关系
![PRJNA1186249: Oxidation Resistance 1 (Oxr1) Dysregulation Promotes TKI Resistance and Blast Crisis in Chronic Myeloid Leukemia [dataset 3]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/143426.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1186249:Oxr1 失调促进慢性髓性白血病 TKI 耐药与急变期 [数据集 3]
PRJNA1186249 数据集来自 NCBI,属于肿瘤/白血病分类,围绕氧化应激抵抗蛋白 Oxr1 失调与慢性髓性白血病(CML)酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐药及急变期之间的关系展开。该数据集为系列中的第 3 个子集,其研究目标在于揭示 Oxr1、活性氧(ROS)诱导的遗传改变以及相关动态过程如何相互作用,共同影响 TKI 耐药与 CML 疾病进展。为此,研究采用了高通量测序分析手段,涵盖 RNA-Seq、全外显子测序(WES)以及 p210 KD 突变检测。数据集主题标签为 Other,可为白血病耐药机制与疾病进展研究提供测序层面的数据支持。
【数据集背景】
慢性髓性白血病是一种以费城染色体及 BCR-ABL 融合基因为特征的血液系统恶性肿瘤,TKI 靶向治疗是其重要治疗手段,但耐药与急变期的出现仍是临床面临的难题。该数据集所对应的研究聚焦于氧化应激抵抗蛋白 Oxr1 的失调现象,试图从氧化应激与 ROS 诱导的遗传改变角度,理解 TKI 耐药形成与 CML 向急变期演进的分子基础。研究整体设计以高通量测序为核心,通过多种测序策略的组合,探索 Oxr1、ROS 相关遗传变化与疾病进展动力学之间的复杂关联。
【数据内容】
该数据集包含高通量测序分析所产生的数据,具体测序类型包括 RNA-Seq、全外显子测序(WES)以及 p210 KD 突变检测。RNA-Seq 可用于转录层面的表达分析,全外显子测序可用于编码区遗传变异的检测,p210 KD 突变检测则针对 p210 激酶结构域相关突变进行筛查。三类数据共同服务于 Oxr1 失调、ROS 诱导遗传改变与 TKI 耐药及 CML 进展之间关系的研究目标。关于样本数量、物种、测序平台、数据量、文件格式等具体信息,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),在该站以 PRJNA1186249 标识,本条目为其中第 3 个数据集。其分类归属为肿瘤/白血病,主题标签为 Other。关于样本采集的具体来源、采集时间、采集地点、伦理审批信息以及样本处理流程等细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于白血病特别是慢性髓性白血病相关的研究场景,包括 TKI 耐药机制探索、急变期进展的分子特征分析、Oxr1 失调与氧化应激及 ROS 诱导遗传改变之间关系的研究,以及基于 RNA-Seq 的表达分析、基于全外显子测序的变异分析和 p210 激酶结构域突变筛查等。也可作为 CML 耐药与疾病进展相关研究的参考数据资源。关于该数据集在其他具体应用场景中的适用性,源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI 对应项目编号 PRJNA1186249 进行访问与获取。使用时可依据研究目的选择相应的测序数据类型,例如利用 RNA-Seq 数据进行转录表达层面的分析,利用全外显子测序数据进行编码区变异检测,或结合 p210 KD 突变检测结果考察激酶结构域突变情况。关于数据下载的具体流程、分析软件推荐、参数设置及处理步骤等,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI 公共数据库,其数据组织遵循该平台的相应规范。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应以及样本量等方面的具体信息,源站未提供。使用者在开展分析时应结合自身研究设计对数据适用性进行判断。该数据集聚焦于 Oxr1 失调与 CML TKI 耐药及急变期的关系,其结论外推至其他疾病或场景时需谨慎。
【引用与许可】
该数据集对应的项目编号为 PRJNA1186249,来源于 NCBI。关于该数据集的引用方式、文献出处、许可协议及使用限制等具体信息,源站未提供。使用者在使用与传播相关数据时,应遵循 NCBI 平台的相关规定与要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1186249
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为揭示Oxr1、ROS诱导的基因改变以及影响TKI耐药性和CML进展的动态变化之间复杂的相互作用,总体设计:我们进行了高通量测序分析,包括RNA-Seq、全外显子组测序(WES)和p210 KD突变检测。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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