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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1098737：MBNL1劫持结构化单链远端DNA元件以维持KMT2A重排白血病中FLT3表达

PRJNA1098737 数据集对应一项关于 KMT2A 重排（KMT2A-r）白血病分子机制的研究，核心关注 RNA 结合蛋白 MBNL1 如何作为 FLT3 的正向调控因子维持致癌基因 FLT3 的表达。该研究通过 DepMap 数据集挖掘与组合 CRISPR 筛选识别出 MBNL1，并揭示其在 KMT2A-r 背景下促进白血病细胞存活的作用，以及 MBNL1 通过锌指结构域和 C 端非结构化区域识别 FLT3 增强子中一段含五个连续鸟嘌呤的结构化单链 DNA 元件的机制。数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，归类于肿瘤／白血病方向，主题标签为 Other，可为白血病中 FLT3 表达调控及潜在治疗靶点研究提供相关数据支撑。

【数据集背景】

KMT2A 重排（KMT2A-r）白血病如何维持致癌基因 FLT3 的表达，其分子机制此前在很大程度上并不清楚，这限制了相关治疗机会的发现。该数据集所对应的研究正是在这一背景下展开，旨在解析 KMT2A-r 白血病中 FLT3 表达维持的调控机制。研究通过 DepMap 数据集探索和组合 CRISPR 筛选，识别出 RNA 结合蛋白 MBNL1 是 FLT3 的新型正向调控因子，并证明 MBNL1 以 KMT2A-r 背景依赖的方式维持 FLT3 表达，从而促进白血病细胞存活。机制层面，研究进一步发现 MBNL1 借助其锌指结构域和 C 端非结构化区域，识别 FLT3 增强子内一段包含五个连续鸟嘌呤的结构化单链 DNA（ssDNA）元件。这些发现共同构成了该数据集所服务的研究主题。

【数据内容】

该数据集聚焦 KMT2A 重排（KMT2A-r）白血病中致癌基因 FLT3 表达维持的分子机制。围绕 MBNL1 作为 FLT3 正向调控因子的识别、其在 KMT2A-r 背景下促进白血病细胞存活的作用，以及 MBNL1 与 FLT3 增强子中结构化单链 DNA 元件的识别关系，数据集承载了相应的研究数据。关于数据的具体类型、样本构成、文件格式与数据量等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为“PRJNA1098737: MBNL1 hijacks a structured single-stranded distal DNA element to sustain FLT3 expression in KMT2A-rearranged leukemias”。其研究背景涉及通过 DepMap 数据集探索与组合 CRISPR 筛选识别 MBNL1 及其调控 FLT3 的作用机制。关于样本采集地点、采集时间、具体实验平台与处理流程等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤／白血病方向的研究，尤其是 KMT2A 重排（KMT2A-r）白血病中致癌基因 FLT3 表达维持机制的相关探索。其主题涉及 RNA 结合蛋白 MBNL1 对 FLT3 的正向调控、MBNL1 在 KMT2A-r 背景依赖条件下促进白血病细胞存活的作用，以及 MBNL1 通过锌指结构域和 C 端非结构化区域识别 FLT3 增强子中含五个连续鸟嘌呤的结构化单链 DNA 元件的分子机制。相关数据可用于围绕上述机制开展的分析与验证工作。关于更具体的适用分析类型与下游应用，源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、预处理步骤、分析流程与软件工具要求等。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为 Other，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于数据质量评估、覆盖范围、潜在偏倚、使用限制与注意事项等信息，源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE263684

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1098737

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

KMT2A重排（KMT2A-r）白血病维持致癌性FLT3表达的分子机制在很大程度上仍不清楚，限制了治疗机会。在此，我们通过DepMap数据集探索和组合CRISPR筛选，鉴定出RNA结合蛋白MBNL1是FLT3的新型正调控因子。MBNL1以KMT2A-r背景依赖的方式维持FLT3表达，从而促进白血病细胞存活。在机制上，我们发现MBNL1通过其锌指结构域和C端非结构化区域，识别FLT3增强子内一个含有五个连续鸟嘌呤的结构化单链DNA（ssDNA）元件。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别