PRJNA108945：AML1/ETO 在人类启动子上的结合模式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA108945

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

约20%的急性髓系白血病（AML）病例携带涉及AML1和ETO基因的t(8;21)易位，并表达由此产生的AML1/ETO融合蛋白，该融合蛋白通过将NCoR/SMRT/HDAC复合物招募至DNA而发挥转录抑制因子的作用。我们利用微阵列技术鉴定了U937细胞中与AML1/ETO结合的人类启动子。关键词：ChIP-chip 总体设计：使用了一株在鼠金属硫蛋白启动子控制下条件性表达HA标签AML1/ETO的U937细胞系（U937-A1E）（Alcalay等，J.Clin.Invest，2003，112，1751-1761）。细胞经100μM ZnSO4处理8小时以诱导转基因表达，并使用抗HA抗体进行ChIP实验。随后对ChIP产物进行PCR扩增，用Cy3/Cy5荧光染料标记，并与NimbleGen HG17 Human Promoter 2 Array芯片集杂交，该芯片集覆盖24,434个注释基因转录起始位点（TSS）上游4 kb和下游1 kb区域。制备了两个生物学重复样本，并分别与独立的芯片集杂交。携带空载体的U937-Mt细胞作为抗HA抗体非特异性结合的对照。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。