成人T细胞白血病-淋巴瘤瘤内异质性的遗传驱动因素与转录组特征及克隆层级
亚克隆遗传异质性及其多样化特征是癌症的常见特征，与致病驱动因素和治疗反应性相关。在此，我们开发了一种基于捕获的测序panel，覆盖宿主热点基因和人类T细胞白血病病毒1型（HTLV-1）的全长基因组，以研究成人T细胞白血病-淋巴瘤（ATL）的克隆结构
基本信息
资源简介
成人T细胞白血病-淋巴瘤瘤内异质性的遗传驱动因素与转录组特征及克隆层级
PRJDB10623 数据集围绕成人 T 细胞白血病-淋巴瘤（ATL）的瘤内异质性展开，核心在于通过遗传驱动因素刻画转录组特征与克隆层级。该数据集来自 ebi.ac.uk，本站归类为肿瘤 / 白血病。其研究背景建立在癌症常见的亚克隆遗传异质性及其多样化特征之上，这些特征与致病驱动因素和治疗反应性密切相关。为深入解析 ATL 的克隆结构，相关研究开发了一种基于捕获的测序 panel，覆盖宿主热点基因以及人类 T 细胞白血病病毒 1 型（HTLV-1）的全长基因组。借助这一平台，研究展示了 ATL 患者及 HTLV-1 感染者中存在的遗传异质性和复杂克隆特征，并揭示克隆性在疾病发展和临床过程中的动态变化与驱动基因变异频率显著相关。此外，结合克隆分型的时序单细胞分辨率 RNA 测序，进一步揭示了特定性状以及 T 细胞受体/NFAT、NOTCH 等多条信号通路的差异化使用。
【数据集背景】
该数据集聚焦于成人 T 细胞白血病-淋巴瘤（ATL）这一疾病背景。癌症通常具有亚克隆遗传异质性及多样化特征，这些特征与致病驱动因素和治疗反应性相关。ATL 与 HTLV-1 感染密切相关，其克隆结构复杂，遗传异质性和克隆特征在患者及感染者中均有体现。为研究 ATL 的克隆结构，相关研究开发了基于捕获的测序 panel，覆盖宿主热点基因和 HTLV-1 全长基因组。该数据集即在这一研究框架下产生，旨在从遗传驱动因素角度定义转录组特征和克隆层级。
【数据内容】
数据集英文名称为“PRJDB10623: Genetic drivers define transcriptomic characteristics and clonal hierarchy within intratumoral heterogeneity in adult T-cell leukemia-lymphoma”。其内容涉及 ATL 患者和 HTLV-1 感染者的遗传异质性、复杂克隆特征、克隆性动态变化，以及驱动基因变异频率与克隆性变化之间的相关性。研究还包含时序单细胞分辨率 RNA 测序与克隆分型相结合的分析，用于揭示特定性状及多条信号通路（如 T 细胞受体/NFAT、NOTCH）的差异化使用。关于数据的具体样本量、测序深度、文件格式、数据规模等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源站为 ebi.ac.uk。研究采用基于捕获的测序 panel，覆盖宿主热点基因和 HTLV-1 全长基因组，用于研究 ATL 的克隆结构。研究对象包括 ATL 患者和 HTLV-1 感染者。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、具体实验流程等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究成人 T 细胞白血病-淋巴瘤的瘤内异质性、亚克隆遗传异质性、克隆结构及克隆层级。也可用于分析 HTLV-1 感染者的遗传异质性和复杂克隆特征，探讨克隆性动态变化与疾病发展及临床过程的关系，以及驱动基因变异频率与克隆性变化的相关性。此外，结合时序单细胞分辨率 RNA 测序与克隆分型，可用于研究特定性状及 T 细胞受体/NFAT、NOTCH 等多条信号通路的差异化使用。关于具体的分析工具、平台兼容性或推荐流程，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、预处理步骤、分析流程、软件工具或代码等。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、覆盖度、准确性、批次效应、样本代表性或技术限制等方面的具体说明。
【引用与许可】
源站未提供引用方式、许可协议或使用条款等信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB10623
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
亚克隆遗传异质性及其多样化特征是癌症的常见特征，既是致病驱动因素，也与治疗反应性相关。在此，我们开发了一种基于捕获的测序panel，覆盖宿主热点基因以及人类T细胞白血病病毒1型（HTLV-1）的全长基因组，用以研究成人T细胞白血病-淋巴瘤（ATL）的克隆结构。利用该平台，我们展示了ATL患者及HTLV-1感染者中的遗传异质性和复杂的克隆特征。克隆性在疾病发展和临床病程中的动态变化与驱动基因的变异频率显著相关。结合克隆分型的时序单细胞分辨率RNA测序揭示了特定特征以及多种信号通路（如T细胞受体/NFAT、NOTCH和JAK-STAT3通路）因基因型不同而产生的差异性使用。尽管遗传图谱高度多样，由体细胞突变驱动的克隆演化对于从多克隆群体向恶性转化至关重要。
恶性克隆的早期检测和特征描述有助于精确的治疗干预和风险分层，以管理难治性恶性肿瘤。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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