儿童血液肿瘤幸存者代谢综合征基因分型数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.22215119

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 82.8 KB。

数据说明

数据集描述

该数据集包含234名儿童癌症幸存者的基因分型数据，这些受试者参加了一项在Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology（俄罗斯联邦卫生部“Russian Field”康复中心）开展的观察性临床研究。参与者于2017年至2020年间根据临床研究方案0925-0586（NCT03773718）招募。符合条件的参与者为血液系统恶性肿瘤治疗后处于完全缓解的儿童和青少年，包括急性淋巴细胞白血病、霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤。该数据集涵盖与胰岛素抵抗、碳水化合物和脂质代谢以及外源性物质生物转化相关的候选基因变异。研究目的是探讨遗传易感性对抗癌治疗后代谢综合征及相关代谢并发症的作用。本记录仅包含基因型数据。

临床表型和治疗相关变量另行发布
内容：四个工作表：

• Main_genotype_info（n = 234）——单独报告的变异、APOE 基因型、星号等位基因二倍型、来自外显子组数据的药物基因组学变异，以及测序批次（Zapusk_num）。
• MedExome_genotype_info（n = 117）——以全外显子捕获测序的同一批参与者中的一个子集：星号等位基因二倍型和药物基因组学变异。工作表 3 覆盖工作表 1 中参与者的一个子集，通过 Sample_ID 关联。
• Pathogenic_variants_info——候选基因中的致病性和可能致病性变异（ACMG）。
• 附加发现
  基因型编码
  基因型按列名中等位基因对定义的替代等位基因数目编码为 0/1/2。坐标采用 GRCh37/hg19。六个变异（AGT rs699、MTHFR rs1801133、CYP2D6 rs3892097、TPMT rs1800462、rs1142345、rs1800460）的列名在负链上使用 cDNA 表示法；因此，所示等位基因与正链 r 互补。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。