全基因组VDR结合位点图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-53041

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

全基因组分析维生素D受体（VDR）这一转录因子的结合位点，对于全面理解核激素1α,25-二羟基维生素D3（1,25(OH)2D3）的生理影响至关重要。通过染色质免疫沉淀（ChIP）结合大规模并行测序（ChIP-seq）对脂多糖（LPS）极化的THP-1人单核细胞白血病细胞进行全基因组分析，发现了1，318个高置信度的VDR结合位点，其中789个和364个分别在1,25(OH)2D3刺激下和未刺激时独有出现，而仅有165个是共有的。我们使用相同的峰值识别参数（MACS，版本2）重新分析了五个公开的VDR ChIP-seq数据集，共发现23，409个不重叠的VDR结合位点，其中75%在所分析的六种细胞模型中具有独特性。LPS分化的THP-1细胞比未分化细胞多出22%的基因组VDR位置，且这两种细胞类型在其VDR位置上显示出比其他研究细胞类型更多的重叠。总体而言，配体刺激细胞的VDR结合谱交集高于未刺激细胞。

使用HOMER对六个VDR ChIP-seq数据集进行从头结合位点搜索和DR3型结合位点筛选，结果表明DR3位点与VDR占据的配体响应性密切相关。重要的是，所有VDR ChIP-seq数据集均显示VDR占据与峰顶下方DR3型序列百分比之间存在相同的关系。对六个VDR ChIP-seq数据集的比较分析表明，VDR作用的机制基础与细胞类型无关。全基因组VDR结合位点中仅少数含有DR3型序列。此外，在每个配体刺激的细胞系中，鉴定到的VDR结合位点总数与含有DR3位点的峰顶百分比呈负相关。对5个已发表的VDR ChIP-seq数据集以及一个来自24

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。