慢性淋巴细胞白血病新型生物标志物蛋白数据集

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Novel Biomarker Proteins in Chronic Lymphocytic Leukemia: Impact on Diagnosis, Prognosis and Treatment
• DOI：10.1371/journal.pone.0148500
• 发布日期：2016-04-14
• 文件数：7 个
• 文件总体积：4.18 MB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Novel_Biomarker_Proteins_in_Chronic_Lymphocytic_Leukemia_Impact_on_Diagnosis_Prognosis_and_Treatment/3947433

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文件清单

• S1 Fig.TIF（929.39 KB）
• S2 Fig.TIF（1.90 MB）
• S3 Fig.TIF（540.83 KB）
• S4 Fig.TIF（236.08 KB）
• S5 Fig.TIF（409.35 KB）
• S1 Table.TIF（134.11 KB）
• S2 Table.TIF（37.96 KB）

文件总体积 4.18 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
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# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

在许多癌症中，细胞会经历代谢、细胞存活及抗凋亡防御策略的重编程，而介导这一重编程的蛋白质可能成为潜在的生物标志物。本研究旨在寻找慢性淋巴细胞白血病（CLL）中新型的生物标志物蛋白质，这些蛋白质能够影响诊断、治疗及预后。我们通过使用特异性抗体、质谱分析、二元逻辑回归分析及其他生物信息学工具，对比了CLL患者与健康供体外周血单核细胞的蛋白质表达谱。质谱分析（LC-HR-MS/MS）鉴定出1，360种在CLL衍生淋巴细胞中表达水平发生改变的蛋白质。其中一些蛋白质先前已被关联到不同的癌症类型，包括CLL，而另外四种高表达蛋白质此前未报道与癌症有关，此处首次将DDX46和AK3与CLL联系起来。降低这两种蛋白质中任意一种的表达会导致细胞生长受抑制。DDX46高表达水平与CLL患者较短的生存期相关，因此可作为预后标志物。

表达发生改变的蛋白质包括参与RNA剪接和翻译的蛋白质，尤其是参与细胞凋亡和代谢的线粒体蛋白质。因此，我们重点关注了几种调节代谢和凋亡的蛋白质，特别是同时调控代谢与凋亡的电压依赖性阴离子通道1（VDAC1）。在CLL来源的淋巴细胞中，Bcl-2、VDAC1、MAVS、AIF和SMAC/Diablo的表达水平显著升高。VDAC1水平与CLL癌性CD19+/CD5+细胞数量以及所有其他受检凋亡调节蛋白的水平高度相关。二元逻辑回归分析表明，预测疾病概率的准确率超过90%。最后，基于LC-HR-MS/MS所揭示的CLL患者中几种蛋白质水平的变化，我们能够区分处于稳定疾病状态的患者与随后将接受抗癌治疗的患者。因此，这些过表达的蛋白质可作为

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0148500（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Novel_Biomarker_Proteins_in_Chronic_Lymphocytic_Leukemia_Impact_on_Diagnosis_Prognosis_and_Treatment/3947433）。