Notch1激活的Gfi1缺失细胞中淋巴祖细胞基因表达

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-41162

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数据说明

生长因子独立1（Gfi1）是一种转录抑制因子，最初是在莫洛尼鼠白血病病毒诱导的T细胞白血病中作为常见整合位点被发现的。Gfi1-/-小鼠表现出 developing 胸腺细胞凋亡增加和T淋巴细胞减少；然而，关于Gfi1-/-早期T系祖细胞的绝对数量，报道存在矛盾。我们使用Gfi1的floxed等位基因与多种T细胞特异性Cre转基因杂交，以绘制淋巴启动和发育过程中对Gfi1的需求。我们表明，Gfi1对于淋巴启动多能祖细胞和早期T系祖细胞的正确形成和功能都是必需的。这些缺陷与Gfi1-/-祖细胞普遍无法强制激活淋巴基因（包括IL7R、Rag1、Flt3和Notch1）相关。强制表达细胞内Notch1不能挽救Gfi1-/-缺陷的淋巴基因特征或Gfi1-/- T细胞发育。相反，在Gfi1-/-细胞中激活Notch1会导致一种强效的合成致死表型，这种表型在未成熟胸腺细胞中最为显著，但在发育转录程序沉默的成熟外周T细胞中则不存在。

此外，我们发现Gfi1对Notch驱动的淋巴转录程序进行转录整合的需求是细胞自主的。我们的数据表明，Gfi1在淋巴发育的多个独立阶段都是必需的。在造血祖细胞中，Gfi1对于整合Notch1信号、介导淋巴启动、早期T系祖细胞的形成以及随后的T系定向都是必要的。通过磁珠从RosaCreERT2 Gfi1 ex4-5 floxed小鼠中纯化谱系阴性细胞，并使用GFP+逆转录病毒载体引入激活的Notch1信号。通过FACS分选GFP+祖细胞，并在半固体培养基中培养一周，以提供足够的时间指导淋巴分化，然后在1uM 4-OHT或EtOH对照中重新铺板。在添加

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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