整合核磷蛋白突变相关microRNA与基因表达模式分析识别急性髓系白血病中新型microRNA-靶基因互作

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-31644

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数据说明

背景：微小RNA是基因表达的调控因子，主要通过降低其多个靶标的mRNA水平发挥作用。微小RNA表达失调已在急性髓系白血病中得到证实，该疾病还以基因表达改变为特征，并与诸如核磷蛋白（NPM1）突变等特定基因组异常相关。为进一步阐明微小RNA表达失调及基因表达在伴NPM1突变的细胞遗传学正常急性髓系白血病中的作用，我们对微小RNA和mRNA表达数据集进行了整合分析。设计与方法：我们在43例成人急性髓系白血病患者样本（n=42例细胞遗传学正常，n=1例del7q；中位年龄46岁[范围23-60岁]）队列中检测了微小RNA和基因表达谱，这些样本的NPM1突变状态已知（n=23例突变型，n=20例野生型），并对数据进行了整合分析。通过定量RT-PCR、Western Blot和荧光素酶报告基因实验验证了推测的微小RNA-mRNA相互作用。对于选定的微小RNA，通过FACS活力检测和细胞增殖实验测试了过表达微小RNA的细胞对阿糖胞苷治疗的敏感性。

结果：我们采用整合方法平行分析microRNA和基因表达谱，得到了一份 refined 的推定靶基因列表，这些基因受NPM1突变相关microRNA失调的影响。在177个推定的microRNA-靶mRNA相互作用中，我们能够识别并验证77个新候选者，这些候选者与白血病发生具有已知或潜在关联，例如IRF2-miR-20a、KIT-miR-20a和MN1-miR-15a。此外，我们的数据显示，肿瘤抑制性microRNA（如miR-29a和miR-30c）的表达失调可能有助于对阿糖胞苷的敏感性，这在NPM1突变的急性髓系白血病中可观察到。结论：总体而言，我们的观察结果强调，整合数据分析方法可以增进对白血病生物学的认识，并有助于识别新的microRNA-靶基因在

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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