成人B-急性淋巴细胞白血病整合表观基因组分析生物标志物与治疗靶点数据集 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-38403

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数据说明

整合表观基因组分析识别成人B细胞急性淋巴细胞白血病的生物标志物和治疗靶点。我们对215例成人B系急性淋巴细胞白血病（ALL）样本和12例正常preB样本进行了DNA甲基化（HELP芯片）和基因表达谱分析。成人B系急性淋巴细胞白血病（B-ALL）是一种侵袭性疾病，长期生存率低于40%。BCR/ABL、E2A/PBX1和MLL重排（tMLL）等遗传学改变定义了不同的B-ALL亚型，这些亚型与不良临床结局相关。已有研究表明，这些B-ALL亚型具有不同的表达谱。然而，表观基因组在塑造这些表达谱中的作用，以及异常的表观遗传基因调控如何促成这些ALL亚型的生物学和临床特征，在很大程度上仍不清楚。为解决这一问题，我们对来自ECOG E2993 III期临床试验的215例特征明确的成人B-ALL标本大队列，以及来自12例健康骨髓的正常前体B（preB）细胞队列，进行了全基因组DNA甲基化和基因表达谱分析。

对这些图谱的综合分析，识别出了各亚型中在表观遗传和转录水平上失调的关键基因网络。在BCR/ABL中，我们识别出一个以IL2RA(CD25)为中心的网络，IL2RA本身在大多数BCR/ABL B-ALL中呈低甲基化和过表达，并与不良临床结局相关。在tMLL亚型中，我们发现了异常的表观遗传和转录活动，包括FLT3和BCL6的低甲基化和上调。在证明MLL/AF4融合蛋白与这些基因以及tMLL ALL细胞中其他低甲基化和过表达的基因结合后，我们进一步证明一种特异性BCL6抑制剂RI-BPI能够杀伤tMLL ALL细胞系和患者样本中的肿瘤细胞。因此，抑制BCL6可能成为伴有MLL易位的B-ALL患者的一种新型治疗策略。RUNX1是一个关键的t

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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