IGR_Itzykson_CMML 慢性粒单核细胞白血病基因组研究数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-1044

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性髓系恶性肿瘤，包括骨髓增殖性肿瘤（MPN）、骨髓增生异常综合征（MDS）及MPN/MDS的基因组研究，已鉴定出编码信号传导、表观遗传、转录及剪接因子的基因中存在常见突变。在224例慢性粒单核细胞白血病（CMML，为最常见的MPN/MDS）队列中，对其中18个基因的分析发现，95%的患者至少携带一个突变基因，部分突变影响疾病表型。多因素分析显示，突变基因数量对无进展生存期和总生存期均产生负面影响。对分选祖细胞的分析表明，CMML克隆在造血CD34+/CD38-阶段即发生早期扩增，并伴有粒单系分化的提前偏移。我们通过单细胞来源集落的突变特异性鉴别分析，探究了克隆结构。对单个集落进行遗传学分类，得以界定亚克隆并构建推测的进化树，提示所研究突变为线性获得。

对匹配的治疗前后样本的分析显示，克隆持续存在，仅有限且选择性地清除了部分亚克隆。该疾病的特征在于CD34+细胞群中多能髓系祖细胞和共同髓系祖细胞的扩增，这两个组分均表现出粒单核细胞分化增加而红系祖细胞减少，与正常的粒单核细胞祖细胞形成对比。总之，白血病克隆的早期扩增以及早期祖细胞粒单核细胞分化的增加，可能解释了CMML在髓系肿瘤中的特异性。本实验对应于对15例患者（慢性粒单核细胞白血病）和4例健康对照者外周血总CD34+细胞中基因表达谱的分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。