多发性骨髓瘤中MicroRNA表达模式及MicroRNA/mRNA调控网络的鉴定

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-17498

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

迄今为止，关于多发性骨髓瘤（MM）中miRNA表达/失调的证据报道甚少。为了表征MM浆细胞（PCs）的miRNA表达谱，并将miRNA表达数据与MM患者的其他分子特征相结合，我们对从38例新诊断MM患者、2例浆细胞白血病患者和3例健康供者骨髓活检中分离出的PCs进行了全局miRNA表达谱分析；这些样本还进行了全局基因表达谱分析，其中19例使用高密度SNP微阵列进行了全基因组DNA分析。差异miRNA表达模式主要与主要的IGH易位相关：特别是，t(4;14)显示出位于19q13.33簇的let-7e、miR-125a-5p和miR-99b的特异性过表达。其他病变的发生，如1q增益、13q和17p缺失以及超二倍体，通过特异性miRNA特征的表征则不够明确。全基因组分析显示，一些等位基因失衡导致位于受累区域的miRNA表达显著改变，例如22q13.31缺失处的let-7b和17q22增益处的miR-142-3p。

基于计算靶点预测、miRNA与mRNA表达谱的综合分析，界定了一个由表达数据支持的可能功能性miRNA-靶标调控关系网络。该系列微阵列实验包含在诊断时从3例正常供者（N）、38例多发性骨髓瘤（MM）和2例浆细胞白血病（PCL）中获得的纯化浆细胞（PCs）的microRNA表达谱。PCs在经0.86%氯化铵裂解红细胞后，使用CD138免疫磁珠从骨髓标本中纯化。通过形态学和流式细胞术评估阳性选择PCs的纯度，所有病例中均>90%。按照制造商方案（Agilent Technologies）处理500纳克总RNA，以生成Cy3标记的RNA，并在色谱柱上纯化

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。