高通量蛋白质组学鉴定THEMIS2为未经治疗慢性淋巴细胞白血病不良无治疗生存的独立生物标志物

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD036918

标准获取流程：

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数据说明

尽管慢性淋巴细胞白血病（CLL）的预后预测取得了进展，但区分治疗无进展生存期（TFS）良好与不良的患者仍具挑战性。此外，CLL已知分子特征的下游蛋白质相关性并不总是清晰明了。为解决这一问题，我们对40例CLL病例（首次治疗时间[TTFT]≤采样后24个月的患者）和40例年龄、性别匹配的CLL对照（自采样起TTFT>24个月的患者）队列进行了大规模、无偏倚的全细胞蛋白质表达特征分析。在该队列中量化了3268种蛋白质的表达。IGHV突变状态和12三体对CLL蛋白质组的影响最为显著。有趣的是，将我们的结果与最近进行的三项CLL质谱筛查相比较，我们鉴定出四种与IGHV突变状态强烈且一致相关的蛋白质：ZAP70、LMNA、FTL和FTH1。

此外，我们发现THEMIS2的细胞内蛋白高表达与较短的TTFT显著相关，且独立于IGHV和TP53突变状态（HR 2.47 [95%CI 1.54-3.95]，P<0.01）。THEMIS2是一种作用于B细胞受体下游的信号蛋白。这一关联分别在mRNA和蛋白水平上通过qPCR和ELISA得到了验证。最后，对一个独立生成的CLL质谱数据集的分析证实了THEMIS2表达与TFS之间的关联（THEMIS2高表达组中位TFS为4个月，而THEMIS2低表达组中位TFS未达到，P<0.0001）3。总之，我们呈现了未经治疗CLL蛋白质组的全面特征描述。值得注意的是，我们发现THEMIS2基因和蛋白表达升高可作为TTFT较差的潜在生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。