DNA甲基转移酶抑制剂处理使斑马鱼雌性化并诱导性腺长期表达变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE93367

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数据说明

DNA甲基化等表观遗传修饰在脊椎动物性发育过程中的作用尚不明确。我们利用斑马鱼模型，测试了最常见的DNA甲基转移酶（dnmt）抑制剂之一5-氮杂-2’-脱氧胞苷（5-aza-dC）的作用，该药物已被批准用于治疗急性髓系白血病，并正在积极研究用于实体瘤的治疗。我们在两个时期进行了多项剂量-反应实验，不仅包括先前研究中所做的发育最初几天（受精后0–6天，dpf），还创新性地纳入了性腺发育期（10–30 dpf）。如预期所示，早期使用5-aza-dC处理会改变胚胎发育、延迟孵化并增加畸形率和死亡率。然而，最引人注目的结果是雌性数量的增加，提示5-aza-dC处理所诱导的改变也可能影响性发育。当处理与性腺发育期重合时，结果得到了证实。

此外，我们还发现，暴露于5-aza-dC的雌性成体性腺转录组中，关键繁殖相关基因（如cyp11a1、esr2b和figla）的表达发生了显著变化，并且一些促雌性相关通路如范可尼贫血通路或Wnt信号通路被下调。此外，还观察到参与表观遗传调控机制的基因（如dnmt1、dicer、cbx4）整体受到抑制。综上所述，我们的结果表明，使用DNA甲基化抑制剂处理也可改变斑马鱼的性发育，至少对雌性而言，会造成成体性腺转录组的永久性改变。我们的结果显示了DNA甲基化对于正确控制性发育的重要性，为潜在控制鱼类性别比例（水产养殖、种群控制）开辟了新途径，并提醒人们注意dnmt疗法可能隐藏的长期影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。