NFKBIE突变与非突变原发纵隔B细胞淋巴瘤NanoString mRNA表达谱差异基因分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE86815

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们近期报道了NFKBIE基因中的截短型缺失，该基因编码IκBε，是NF-κB的负反馈调节因子，见于临床侵袭性慢性淋巴细胞白血病(CLL)。初步数据表明NFKBIE异常在其他淋巴系统恶性肿瘤中富集，因此我们筛查了一个大型患者队列(n=1460)，这些患者被诊断为不同的淋巴系统肿瘤。我们观察到原发纵隔B细胞淋巴瘤(PMBL)中NFKBIE异常的发生率显著增高(46/203例，22.7%)。在多因素分析中，该缺失与特定的侵袭性临床病程和生存期缩短相关。通过NanoString nCounter杂交系统及包含30个额外定制基因的NanoString GX Human PanCancer Pathway Panel进行基因表达谱分析(GEP)，本分析的目的是研究NFKBIE突变型与野生型PMBL中包括NFKB信号在内的多种致癌通路的不同激活情况。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。