ibrutinib治疗后慢性淋巴细胞白血病患者miR表达差异数据集

该数据集来自NCBI,聚焦慢性淋巴细胞白血病患者在接受ibrutinib治疗后的miR表达差异,采用芯片进行非编码RNA表达谱分析,物种为人类(9606),平台为GPL16142

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基因组分类Non-coding RNA profiling by arrayGPL161429606
GSE84801: miR expression differences in Chronic lymphocytic leukemia patients after ibrutinib therapy

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-26

资源简介

ibrutinib治疗后慢性淋巴细胞白血病患者miR表达差异数据集

GSE84801 数据集来自 NCBI,主题为慢性淋巴细胞白血病患者在接受 ibrutinib 治疗后的 miR 表达差异。该数据集采用芯片技术进行非编码 RNA 表达谱分析,物种为人类(9606),平台为 GPL16142,共包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE84801_series_matrix.txt.gz。数据集由 Amy、Johnson 提交,发布时间为 Jul 25 201。该数据集属于肿瘤 / 白血病分类,可用于了解 ibrutinib 治疗后 miR 表达变化的相关研究。

【数据集背景】

慢性淋巴细胞白血病是一种血液系统恶性肿瘤,ibrutinib 是用于该类疾病治疗的药物。该数据集关注患者在接受 ibrutinib 治疗后 miR 表达的变化情况。源站描述指出,研究发现 ibrutinib 治疗后 miR 受到显著的差异调控。数据集标题也直接表明其主题为慢性淋巴细胞白血病患者经 ibrutinib 治疗后的 miR 表达差异。该数据集属于肿瘤 / 白血病分类,聚焦非编码 RNA 表达谱分析。

【数据内容】

该数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE84801_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。数据集主题标签包括 Non-coding RNA profiling by array、GPL16142 和 9606,表明其采用芯片进行非编码 RNA 表达谱分析,物种为人类,平台为 GPL16142。源站描述提到,miR 在 ibrutinib 治疗后被发现受到显著差异调控。数据集的具体样本数量、分组信息、表达矩阵字段等源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 miR expression differences in Chronic lymphocytic leukemia patients after ibrutinib therapy。作者为 Amy、Johnson,发布时间为 Jul 25 201。数据集分类为肿瘤 / 白血病。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于非编码 RNA 表达谱分析相关研究,特别是慢性淋巴细胞白血病患者接受 ibrutinib 治疗后 miR 表达差异的探索。由于采用芯片平台 GPL16142 且物种为人类,可用于比较治疗前后 miR 表达变化、筛选差异表达的 miR 等分析场景。具体适用分析类型及研究设计细节,源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE84801_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。关于数据预处理、归一化及分析流程等细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件,样例为 GSE84801_series_matrix.txt.gz。关于样本量、数据完整性、缺失值情况、质控指标等信息,源站未提供。使用时应注意数据集仅覆盖芯片平台 GPL16142 的非编码 RNA 表达谱,其他平台或数据类型未涉及。具体限制条件源站未提供。

【引用与许可】

该数据集作者为 Amy、Johnson,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可协议及使用条款等信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84801

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

研究发现,伊布替尼治疗后miRs的调控存在显著差异。收集治疗前、治疗后2小时、24小时、8天、29小时的外周血CLL细胞样本,提取RNA并用于miR nanostring分析。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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