比较高与低淋巴细胞计数CLL患者CLL细胞基因表达特征的数据集

该数据集来自NCBI,用于比较高淋巴细胞计数与低淋巴细胞计数慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者CLL细胞的基因表达特征。源站描述涉及caspase3过表达、cleaved PARP水平升高、凋亡率增高以及STAT3水平差异等发现

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基因组分类Expression profiling by arrayGPL166869606
GSE68721: To compare gene signature of  CLL cells from patients with high versus low lymphocyte counts

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-26

资源简介

比较高与低淋巴细胞计数CLL患者CLL细胞基因表达特征的数据集

To compare gene signature of CLL cells from patients with high versus low lymphocyte counts

该数据集来自NCBI,用于比较高淋巴细胞计数与低淋巴细胞计数慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者CLL细胞的基因表达特征。源站描述涉及caspase3过表达、cleaved PARP水平升高、凋亡率增高以及STAT3水平差异等发现。数据集包含1个文件(GSE68721_series_matrix.txt.gz),主题为微阵列表达谱分析,物种为9606(人类)。可用于探索CLL中细胞增殖与凋亡并存的机制,以及高低淋巴细胞计数患者间的基因表达差异分析(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:May 11 201。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):在慢性淋巴细胞白血病(CLL)中,外周血淋巴细胞的增量低于根据细胞增殖率计算出的预期增量,提示细胞增殖与凋亡同时发生。为探究这一现象,我们发现,与低计数患者相比,高计数患者细胞中caspase3过表达、cleaved poly (ADP-ribose) polymerase (PARP)水平更高(P <0.007),且凋亡率更高。尽管我们此前发现signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3)保护CLL细胞免于凋亡,但高计数患者细胞中的STAT3水平显著高于低计数患者细胞。此外,在MM-1细胞中过表达STAT3并未保护细胞,反而上调caspase3并诱导凋亡。值得注意的是, putative STA

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:Expression profiling by array、GPL16686、9606。本站分类:肿瘤/白血病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE68721

【使用注意】

· 源站最后修改于 Mar 15 201,引用时请注意版本时效。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE68721

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在慢性淋巴细胞白血病(CLL)中,外周血淋巴细胞的增多速度慢于根据细胞增殖率计算出的预期增多速度,这提示细胞增殖与凋亡同时发生。为探究这一现象,我们发现,与低计数患者的细胞相比,高计数患者的细胞中caspase3过表达、cleaved poly (ADP-ribose) polymerase (PARP)水平更高(P <0.007),且凋亡率更高。尽管我们此前发现signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3)可保护CLL细胞免于凋亡,但高计数患者细胞中的STAT3水平显著高于低计数患者细胞。此外,在MM-1细胞中过表达STAT3并未保护细胞,反而上调caspase3并诱导凋亡。值得注意的是,在caspase3启动子中鉴定出了推定的STAT3结合位点,且荧光素酶试验、染色质免疫沉淀(ChIP)和电泳迁移率变动试验(EMSA)显示STAT3激活了caspase3。然而,只有当STAT3水平足够高时,caspase3水平才会升高。

利用ChIP和EMSA技术,我们发现STAT3与caspase3启动子的结合亲和力较低,这表明在高水平下,STAT3激活了一种负向的促凋亡反馈机制。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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