慢性淋巴细胞白血病分子特征数据集

该数据集来自 NCBI,标题为慢性淋巴细胞白血病分子特征,包含 30 例外周血样本中 290 个 mRNA 的表达谱,采用 nCounter(Nanostring Technologies 平台)测量

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基因组分类OtherGPL198359606
GSE66425: Molecular signatures for chronic lymphocytic leukemia

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-26

资源简介

慢性淋巴细胞白血病分子特征数据集

GSE66425 是一个来自 NCBI 的基因表达数据集,标题为“慢性淋巴细胞白血病分子特征”(Molecular signatures for chronic lymphocytic leukemia)。该数据集聚焦于慢性淋巴细胞白血病(CLL)的分子表达特征,收录了来自 30 例外周血样本中 290 个 mRNA 的表达谱数据,测量采用 nCounter 技术(Nanostring Technologies 平台)完成。数据集在站内归类为肿瘤 / 白血病方向,作者为 Thomas、Matthes,发布时间为 201 年 3 月 2 日。数据集共包含 1 个文件,样例文件名为 GSE66425_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及 Other、GPL19835 与 9606。整体而言,该数据集为研究 CLL 患者外周血中特定 mRNA 集合的表达模式提供了可直接下载使用的表达矩阵资源。

【数据集背景】

慢性淋巴细胞白血病是一种累及淋巴系统的血液肿瘤,其分子层面的表达特征对于理解疾病生物学行为具有参考价值。该数据集以“慢性淋巴细胞白血病分子特征”为主题,旨在呈现 CLL 患者样本中一组选定 mRNA 的表达情况。数据集来源于 NCBI,属于肿瘤 / 白血病分类下的表达谱资源,作者为 Thomas、Matthes,发布时间标注为 Mar 02 201。

【数据内容】

数据集包含 30 例外周血样本中 290 个 mRNA 的表达谱测量结果,测量平台为 nCounter(Nanostring Technologies 平台)。数据集文件数量为 1,样例文件为 GSE66425_series_matrix.txt.gz,即以 GZIP 压缩形式提供的系列矩阵文件。主题标签包括 Other、GPL19835 与 9606,其中 GPL19835 为平台相关标识,9606 对应人这一物种标识。除上述内容外,源站未提供更细的字段结构说明。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,样本取自 CLL 患者的外周血,共 30 例。表达测量采用 nCounter(Nanostring Technologies 平台)完成,检测对象为 290 个 mRNA。数据集的作者为 Thomas、Matthes,源站标题为“Molecular signatures for chronic lymphocytic leukemia”。关于样本采集时间、临床信息、伦理审批等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于考察 CLL 患者外周血样本中 290 个 mRNA 的表达模式,适合作为白血病分子特征研究中的表达谱参考数据。由于数据以系列矩阵文件形式提供,可用于表达水平的汇总查看与样本间比较分析。关于更具体的应用方向与验证结论,源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE66425_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩包格式。建议先按文件格式完成读取,在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。关于配套的分析脚本或标准化流程,源站未提供。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,样本量为 30 例,检测的 mRNA 数量为 290 个,属于靶向表达谱而非全转录组测量。关于数据质量评估、缺失值情况、批次效应等信息,源站未提供。使用时应注意其样本规模与检测范围对结论外推的限制。

【引用与许可】

数据集作者为 Thomas、Matthes,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE66425

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对30例慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者外周血样本中290种mRNA的表达谱分析,采用nCounter(Nanostring Technologies平台)进行检测。慢性淋巴细胞白血病(CLL)是一种成熟B细胞的克隆性恶性肿瘤,具有显著的临床异质性,许多患者表现为惰性疾病,多年无需干预,而另一些患者则表现为侵袭性、有症状的白血病,需要立即治疗。尽管CLL尚无治愈方法,但该疾病是可治疗的,目前的标准化疗方案已被证明能够延长生存期。近年来对CLL生物学认识的进展,使得人们鉴定出众多具有潜在诊断、预后和治疗意义的细胞及分子标志物。我们采用新近开发的数字多重基因表达技术(DMGE),对30例CLL患者组成的队列进行分析,以检测具有已知诊断和预后潜力的特定基因的存在情况。

从一组290个基因出发,我们基于对13个基因的分析,开发出了一种分子特征谱,能够明确区分CLL与正常外周血及正常B细胞;还开发了基于24个基因的第二种特征谱,可区分突变型与未突变型病例(LymphCLL Mut)。第三种分类器(LymphCLL Diag)基于44个基因的特征谱,可将CLL病例与一系列其他B细胞慢性淋巴增殖性疾病(n=51)区分开来。该分析操作简便,非常适合临床试验和常规诊断,即使在小型医院也可开展。

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