外周T细胞淋巴瘤基因表达特征分型与预后数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE58445

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

外周T细胞淋巴瘤（PTCL）包括一组异质性肿瘤，临床结局普遍较差。目前50%的PTCL病例无法分类，即非特指型PTCL（PTCL-NOS）。对372例PTCL病例的基因表达谱进行分析，针对主要PTCL类型鉴定出稳健的分子分类器及反映肿瘤细胞及其微环境病理生物学的致癌通路，包括114例血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）、31例间变性淋巴瘤激酶（ALK）阳性及48例ALK阴性间变性大细胞淋巴瘤、14例成人T细胞白血病/淋巴瘤以及44例结外NK/T细胞淋巴瘤（后者进一步分为NK细胞淋巴瘤和γδT细胞淋巴瘤）。37%经形态学诊断为PTCL-NOS的病例通过分子特征被重新分类为其他特定亚型。对重新分类病例的复核、免疫组化及IDH2突变分析支持重新分类的有效性。在剩余PTCL-NOS病例中可识别出两个主要分子亚群，分别以GATA3（33%；40/121）或TBX21（49%；59/121）高表达为特征。

GATA3亚组与较差的总生存期显著相关（P=.01）。TBX21亚组内细胞毒性基因签名的高表达也显示出较差的临床结局（P=.05）。在AITL中，与肿瘤微环境相关的几个签名的高表达与结局显著相关。一个联合预后评分在独立队列中可预测生存期（P=.004）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。