慢性淋巴细胞白血病细胞在特定Th细胞作用下活化并增殖

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE48268

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CLL细胞对针对小鼠抗体Ckappa肽的特异性抗原特异性Th细胞克隆应答的基因表达谱变化。使用小鼠抗人BCR单克隆抗体连接BCR并向CLL细胞递呈抗原。将32-45 x10e6 PBMC与或不与2 μg/ml Ms κ+IgG抗kappa和抗lambda单克隆抗体一起过夜孵育。随后将PBMC在存在或不存在12.5 x10e6 T18细胞的情况下培养。第3天，使用CD3和CD14 Dynabeads（Invitrogen）通过阴性选择纯化CLL细胞。CLL细胞的RNA在NanoDrop1000（Thermo Scientific，Wilmington，DE，USA）上进行质控和定量。每份样品290ng经TotalPrep™-96 RNA扩增试剂盒（Illumina，San Diego，CA，USA）扩增并标记。样品质量进一步通过Agilent 2100生物分析仪（Agilent，Santa Clara，CA，USA）检测。1500ng生物素标记的cRNA用于杂交至Illumina HumanWG-6 v3表达珠芯片。扫描后，结果导入Illumina GenomeStudio v. 2010.1的Gene Expression模块v. 1.6.0进行质量控制和数据导出。使用GeneSpring GX v11软件（Agilent，Santa Clara，CA，USA）进行分析。

在GeneSpring GX中，经过Logbase 2转换的数据被归一化至第75百分位数，并以所有样本的中位数进行基线转换。标记信息：判定为“Present”的下限截止值为0.8，判定为“Absent”的上限截止值为0.6。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。