慢性淋巴细胞白血病细胞系MEC-1中UGT2B17敲低
该数据集来自NCBI GEO，比较慢性淋巴细胞白血病细胞系MEC-1中稳定转染UGT2B17 shRNA与scrambled shRNA后的基因表达差异
基本信息
资源简介
慢性淋巴细胞白血病细胞系MEC-1中UGT2B17敲低
GSE38367 数据集来自 NCBI GEO，围绕慢性淋巴细胞白血病细胞系 MEC-1 中 UGT2B17 基因的敲低实验展开。研究者通过慢病毒颗粒转染，分别导入靶向 UGT2B17 的稳定 shRNA 与 scrambled shRNA 对照，培养两周后收集 RNA，并利用表达谱芯片比较两组细胞的基因表达差异。该数据集属于肿瘤/白血病分类，包含 1 个数据文件，即 GSE38367_series_matrix.txt.gz，可用于考察 UGT2B17 敲低对 MEC-1 细胞转录组的影响。
【数据集背景】
该数据集聚焦于慢性淋巴细胞白血病细胞系 MEC-1 中 UGT2B17 基因的功能研究。源站标题明确为“UGT2B17 knock down in chronic lymphocytic leukemia cell line MEC-1”，说明实验的核心处理是稳定敲低 UGT2B17。研究采用 shRNA 介导的基因沉默策略，并以 scrambled shRNA 作为对照，旨在通过基因表达谱比较揭示 UGT2B17 表达变化后细胞转录层面的响应。数据集作者为 Michaela Gruber，发布时间为 May 31 201。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE38367_series_matrix.txt.gz，属于表达谱芯片数据。主题标签包括 Expression profiling by array、GPL6244 和 9606，表明数据来自微阵列表达谱平台，物种为人。源站描述指出，实验比较了稳定 shRNA 诱导 UGT2B17 敲低与 scrambled shRNA 处理后的基因表达，转染使用慢病毒颗粒，培养 2 周后收获 RNA。数据文件以 series matrix 形式组织，便于读取样本层面的表达信息。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库。实验材料为慢性淋巴细胞白血病细胞系 MEC-1，处理方式为慢病毒颗粒转染介导的稳定 shRNA 敲低，对照为 scrambled shRNA。RNA 在培养 2 周后收获，随后进行表达谱芯片检测。数据集的分类为肿瘤/白血病，主题标签中的 GPL6244 指向所用芯片平台，9606 指向人类物种。
【适用场景】
该数据集适用于研究 UGT2B17 在慢性淋巴细胞白血病细胞系中的表达调控作用，可用于比较敲低组与对照组之间的差异表达基因，进而探索该基因相关的转录程序变化。由于采用稳定 shRNA 和 scrambled 对照设计，数据也可用于评估基因沉默实验中的表达谱一致性。适用场景包括白血病相关的基因功能研究、表达谱芯片数据的二次分析，以及作为 shRNA 敲低实验的参考数据集。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE38367_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于文件为 series matrix 格式，读取后应关注样本分组信息与表达值矩阵的对应关系，并结合主题标签中的平台信息理解数据组织方式。
【质量与限制】
源站未提供关于样本数量、重复设置、数据质控指标或统计方法的详细信息。数据集仅包含 1 个文件，未提供原始芯片图像或未处理数据。发布时间为 May 31 201，具体年份信息不完整。使用时应以源站描述和文件内容为准，避免对未提供的实验细节进行推断。
【引用与许可】
源站未提供引用规范与许可信息。使用时建议参考 NCBI GEO 的通用数据使用政策，并注明数据集来源与作者 Michaela Gruber。
下载信息
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暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE38367
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在细胞系模型MEC-1中，稳定shRNA诱导UGT2B17敲低后与乱序shRNA的基因表达比较。使用慢病毒颗粒进行转染，培养2周后收获RNA。结果有助于深入了解功能性UGT2B17在CLL细胞中的参与作用。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
