GSE337274：先锋转录因子TAL1重塑染色质架构指导红系细胞命运决定 [CUT&Tag]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE337274

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数据说明

先锋转录因子在染色质组织和造血细胞谱系定向中发挥关键调控作用。在红细胞生成过程中，造血干细胞经历动态的转录和染色质重塑以分化为红细胞。能够通过动态染色质重塑协调红细胞生成且经功能验证的先锋因子仍然有限，其调控机制尚未完全阐明。在此，我们鉴定T细胞急性淋巴细胞白血病1（TAL1）为一个先锋因子，其通过重塑染色质驱动红细胞生成过程中的转录重编程。通过招募SWI/SNF复合物，TAL1驱动红系命运特化，同时通过谱系限制性染色质区室重组抑制替代谱系。作为先锋因子，TAL1招募染色质重塑因子BPTF和KMT2A以建立红系特异性基因组架构。这些复合物通过转录激活红系调控因子同时抑制非红系决定因子，共同执行TAL1指导的分化程序。

我们的工作建立了一种可推广的染色质可及性导向的先驱因子筛选策略，我们鉴定出TAL1是一个主效先驱因子，并阐明了其通过三维表观基因组重构驱动红系定向的机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。