GSE321679：CRISPR-Cas13b设计选择性沉默致癌融合转录本的分子原理

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE321679

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

致癌性基因融合是癌症的关键驱动因素，但大多数仍无法被现有疗法靶向。在此，我们建立了CRISPR-PspCas13b作为一个可个性化定制的平台，用于系统性沉默多种融合转录本。我们发现，PspCas13b对断点序列的识别和切割会破坏融合转录本，从而实现高效的蛋白质耗竭。短读长和长读长RNA测序揭示，PspCas13b切割产生异常的、无翻译能力的RNA种类，其保留5’/3’末端，并在切割位点附近出现内部缺失。重要的是，我们证明靶向BCR::ABL1断点序列可有效降解经典及耐药性BCR::ABL1突变体，而这些突变体是慢性髓性白血病（CML）中酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药和复发的主要驱动因素。分子谱分析显示，PspCas13b损害BCR::ABL1酪氨酸磷酸激酶活性，并引发广泛的转录组和蛋白质组重塑，最终导致对临床药物完全耐药的CML细胞发生红系分化和凋亡。

除BCR::ABL1突变体外，个性化设计的PspCas13b还能有效沉默其他不可成药的融合基因，包括分别作为急性髓系白血病和尤文肉瘤关键驱动因素的RUNX1::RUNX1T1和EWSR1::FLI1。总体而言，本研究建立了一个分子框架，可对原本不可成药或耐药的致癌转录本进行系统、精准且可个性化的靶向。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。