急性髓系白血病lncRNA功能CRISPR-dCas9干扰筛选数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318789

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性髓系白血病（AML）是一种预后不良的恶性血液病，深入了解其生物学特征对患者预后至关重要。尽管AML中的蛋白编码基因已被充分表征，但长链非编码RNA（lncRNA）的作用在很大程度上仍未被探索。在此，我们研究了lncRNA如何参与AML的生物学行为及治疗耐药。我们在AML细胞系MOLM-13中进行了三项高通量lncRNA-CRISPR干扰（CRISPRi）筛选，靶向造血细胞中表达的7,996个lncRNA，敲低方向指向通过基因表达帽分析（CAGE）测序确定的转录起始位点。评估了对增殖、分化以及对Bcl-2抑制剂维奈克拉反应的影响。共发现分别有58个、4个和23个lncRNA影响增殖、分化和维奈克拉敏感性。进一步研究了三个与增殖相关的lncRNA（MIR17HG、CATG00000106133.1和CATG00000056792.1）以及一个与维奈克拉相关的lncRNA（AC009299.3）。CATG00000106133.1在新发AML和细胞遗传学正常AML中富集，并与NPM1和IDH2突变相关。

对CATG00000106133.1敲除细胞的RNA-seq进行基因本体论和Reactome分析，揭示了其在细胞因子信号传导和免疫通路中的作用。与venetoclax反应相关的AC009299.3在AML患者中与不良结局、不良风险及年龄增长相关。总体而言，本研究识别出四个参与关键白血病发生过程的lncRNA，突显了它们在理解AML生物学、预后及治疗反应方面的潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。