B细胞发育与急性淋巴细胞白血病中的3D染色体重塑 [HiChIP]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306415

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）分子亚群的鉴定已被证明是理解疾病发病机制和治疗分层的有力工具。多项研究表明，异常转录因子（TF）功能和表观遗传调控可以解释不同B-ALL亚型之间的差异。然而，不同白血病亚型中三维基因组组织及其与健康B细胞祖细胞的比较仍不清楚。在本研究中，我们采用原位Hi-C和RNA-seq技术，对来自健康骨髓供者的早期人类B细胞祖细胞以及携带预后相关结构变异的B-ALL患者样本进行了分析，这些结构变异包括ETV6::RUNX1、KMT2A::AFF1和BCR::ABL。我们发现B-ALL在三维基因组组织上发生亚型特异性改变，这些改变部分反映了疾病的分化阶段。我们进一步证明，与正常祖细胞相比，B-ALL原始细胞还获得了独特的异常染色质构象，从而允许致癌驱动基因的表达。

其中一个这样的驱动因素，转录因子ERG，在ETV6::RUNX1 B-ALL中显示出增强的相互作用性和表达，并直接调控B细胞祖细胞的存活与分化。总体而言，这些结果强调了三维核组织在人类急性白血病中的关键作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。