急性早幼粒细胞白血病中增强子、转座子及Polycomb靶点的疾病特异性表观遗传失调

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305480

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数据说明

急性早幼粒细胞白血病（APL）是急性髓系白血病（AML）的一种亚型，其特征为PML与RARA基因之间的融合以及髓系细胞在早幼粒细胞阶段的成熟阻滞。本研究通过整合APL及非APL AML中八种组蛋白修饰的ChIP-seq数据与RNA-seq数据，探讨了APL的表观遗传学景观。APL呈现出与非APL AML不同的独特染色质图谱。我们描述了APL中H3K27ac、H3K9me3和H3K27me3的特异性变化，这些变化影响增强子活性、转座元件的抑制以及Polycomb调控的基因抑制。APL特异性的H3K27ac模式识别出APL特异性增强子和超级增强子区域，其中包括一部分由PML-RARA融合蛋白结合的增强子。尽管PML-RARA特异性结合的染色质主要呈活跃状态，但APL还以获得APL特异性异染色质状态为特征，表现为H3K9me3富集的核纤层相关结构域以及转座元件LINE、LTR和SINE的显著增加。这些发现提示APL具有独特的增强子和异染色质图谱，对转录调控和治疗反应具有重要意义。

这些发现为急性早幼粒细胞白血病（APL）的发病机制提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。