MBL向CLL转化单细胞图谱数据集2

该数据集来自NCBI GEO,包含单细胞RNA和ATAC测序数据,覆盖低计数和高计数MBL及CLL血液样本,用于追踪从生理性B细胞到CLL的连续演变过程

geo
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基因组分类GPL246769606
GSE295490: Single cell landscape of MBL/CLL transition [MBL_CLL_GEO_DataSet2]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-26

资源简介

MBL向CLL转化单细胞图谱数据集2

GSE295490 是一个聚焦于单克隆B细胞增多症(MBL)向慢性淋巴细胞白血病(CLL)转变过程的单细胞数据集,英文全称为 Single cell landscape of MBL/CLL transition [MBL_CLL_GEO_DataSet2],归属于肿瘤/白血病分类,来源于 NCBI GEO 数据库。该数据集通过单细胞RNA测序与单细胞ATAC测序,对低计数(LC)和高计数(HC)MBL以及CLL的血液样本进行刻画,旨在追踪从生理性B细胞到CLL的连续演变轨迹。数据集共包含1个文件,样例文件为 GSE295490_series_matrix.txt.gz,作者为 Livius 与 Penter,发布时间为 Apr 24 202,主题标签涉及 Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing、GPL24676 与 9606。

【数据集背景】

单克隆B细胞增多症(MBL)向慢性淋巴细胞白血病(CLL)的转变,在表观遗传和转录层面仍缺乏清晰界定。该数据集正是针对这一尚未充分阐明的问题而构建,试图借助单细胞分辨率下的转录组与染色质可及性信息,观察从生理性B细胞到CLL的连续变化过程。其研究视角覆盖低计数MBL、高计数MBL与CLL三类血液样本,为理解疾病演进的不同阶段提供了数据基础。

【数据内容】

数据集包含单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,样本覆盖低计数(LC)MBL、高计数(HC)MBL以及CLL的血液样本。文件数量为1个,样例文件名为 GSE295490_series_matrix.txt.gz,采用GZIP压缩格式。主题标签中包含 Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing,对应染色质结合/占据的高通量测序 profiling 类型;GPL24676 为平台标识,9606 为人类物种标识。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),源站标题与数据集英文名一致,均为 Single cell landscape of MBL/CLL transition [MBL_CLL_GEO_DataSet2]。作者为 Livius 与 Penter,发布时间为 Apr 24 202。样本类型为MBL与CLL患者的血液样本,按计数水平区分为低计数与高计数MBL,并纳入CLL样本进行对照与连续观察。

【适用场景】

该数据集适用于研究MBL向CLL转变过程中的转录与表观遗传变化,可用于追踪从生理性B细胞到CLL的连续演变;适合开展单细胞层面的细胞状态比较、染色质可及性分析以及不同疾病阶段样本间的差异探索。对于关注白血病早期演进、B细胞恶性转化机制的研究者,该数据集提供了可用的单细胞RNA与ATAC测序资源。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE295490_series_matrix.txt.gz,按GZIP压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程,以避免因字段或编码不一致导致后续处理偏差。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、批次效应、样本量、测序深度或覆盖度的具体说明。数据集仅含1个文件,文件样例为系列矩阵文件,其他原始测序数据是否可获取、以何种形式提供,源站未提供。使用者在分析前应自行核查数据完整性与适用性。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款的具体信息。使用该数据集时,建议参照 NCBI GEO 的通用要求进行引用与合规使用,具体以源站发布信息为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE295490

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单克隆B细胞增多症(MBL)向慢性淋巴细胞白血病(CLL)的转变在表观遗传和转录水平上仍不明确。在此,我们对低计数(LC)和高计数(HC)MBL及CLL血液样本进行了单细胞RNA和ATAC测序,以追踪从生理性B细胞到CLL的连续演变过程。

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