ATRX促进HSV-1即刻早期基因转录起始[HEP2 PRO-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293675

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单纯疱疹病毒1型（HSV-1）利用宿主RNA聚合酶II（Pol II），以高度协调的时间级联方式转录其基因组。转录抑制先于级联进程，这一过程需要病毒即刻早期（IE）基因参与，该现象被称为瞬时即刻早期基因介导的抑制（TIEMR）。鉴于已知早幼粒细胞白血病核体（PML-NBs）的组分能迅速结合入侵的HSV-1基因组，我们研究了它们在TIEMR调控中的潜在作用。通过siRNA敲低PML-NB组分（PML、DAXX和ATRX），我们意外地观察到，ATRX耗竭导致感染后1.5小时（hpi）病毒IE启动子上的新生病毒转录显著减少。ChIP-Seq分析表明，ATRX既与高度转录活跃区域相关，也与转录受限区域相关，提示ATRX在病毒基因组中具有多种功能。我们在此证明，ATRX与IE基因活跃转录的关联与G-四链体（G4s）的存在相关。

药物稳定G4s模拟了ATRX敲低的效果，显著降低了IE基因的转录起始。这些发现表明，ATRX通过阻止G4形成来促进HSV-1 IE基因的转录起始。总之，我们的结果揭示了ATRX在HSV-1感染早期具有此前未被认识到的促转录作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。